Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004098`

染色体: Chr07 坐标: 52532023-52534046 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004098`
名称	SmilChr07G004098
描述	uncharacterized SmilChr07G004098
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	52532023 - 52534046 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994382`
GeneID	`130994382`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994382`
原始查询	`LOC130994382`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=28.2; qcov=0.728; evalue=1.23e-42; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=34; qcov=0.748; evalue=8.23e-50; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994382

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775409.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775409.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775409.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775409.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775409.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:52532611`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:52532614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C23
`Chr7:52532614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:52532627`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,C10,C23
`Chr7:52532641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B71,C16,C41
`Chr7:52532645`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B131,B72,B78,B82
`Chr7:52532650`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C10
`Chr7:52532669`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B72
`Chr7:52532673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:52532675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B71,C16,C41
`Chr7:52532677`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B15,C23
`Chr7:52532678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B29,B31,B57,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775409.1

496 aa

248

496

MULE

Transposase_mut

PF10551 MULE 307-400 aa PF00872 Transposase_mut 324-475 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775409.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	307	400	2e-19	70.5	MULE transposase domain
`XP_057775409.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	324	475	3e-08	33.7	Transposase, Mutator family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919426.1
ATGTGCGGGAGATTCAACCAGGTGTGGACGGATGAAGCCGTACAACCTGAAGACGAAGCCGAAGAACCTGATGACGATTCTGATGAAGAAGACGAAGAATACGATCCAACGAACGAGTCGGGAACAGATTCTACCGCCTCTGAGGATTTATTAGACGATGATCTGATAGAGTTCACGGCGACCGAGCGAGCAGGTTGGATCCGACAAAGTAGAACCCGTCACGGAAATCCGACGGACTCGACCGGTGATCTATCTAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994382
ATGTGCGGGAGATTCAACCAGGTGTGGACGGATGAAGCCGTACAACCTGAAGACGAAGCCGAAGAACCTGATGACGATTCTGATGAAGAAGACGAAGAATACGATCCAACGAACGAGTCGGGAACAGATTCTACCGCCTCTGAGGATTTATTAGACGATGATCTGATAGAGTTCACGGCGACCGAGCGAGCAGGTTGGATCCGACAAAGTAGAACCCGTCACGGAAATCCGACGGACTCGACCGGTGATCTATCTAATTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775409.1
MCGRFNQVWTDEAVQPEDEAEEPDDDSDEEDEEYDPTNESGTDSTASEDLLDDDLIEFTATERAGWIRQSRTRHGNPTDSTGDLSNWIVPLIPVDATTSLVAHESELSRVADLGKNSFYNSKEELVLAVGFWNMKQGAEAKVVRSDQGRLYYKCKHSDKCKFDVRASCHGGGMWGVHKFKEHSCEGELGILKLIKAHSNVVAAYVEKRIRDDGEVIKPKSIMSELLREFGVRIKYDVALRARNLSLEKIYGRIDDSFLLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器