Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003632`

染色体: Chr01 坐标: 54841982-54845695 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003632`
名称	SmilChr01G003632
描述	uncharacterized SmilChr01G003632
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54841982 - 54845695 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994395`
GeneID	`130994395`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994395`
原始查询	`LOC130994395`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314]; symbol=AT1G34150; hit=AT1G34150; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314]; symbol=AT1G34150; hit=AT1G34150; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G34150` (AT1G34150) Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314] identity=47.5; qcov=0.887; evalue=1.03e-34; confidence=medium
Rice	`Os03g0381100` - identity=66.7; qcov=0.453; evalue=1.32e-28; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity); GO:0031119 (tRNA pseudouridine synthesis); GO:1990481 (mRNA pseudouridine synthesis)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775423.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775423.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775423.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775423.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775423.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54842311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B66
`Chr1:54842703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr1:54842858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr1:54842912`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:54844510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919440.1
GAAGTTTATTTTGTTTAATCTTAAATGAAATTACAGCGACCCCATTTCAAACATTTGGTCTGCAACCCTGTCCACGCCAACGCAAATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTT...

XM_057919445.1
GAAGTTTATTTTGTTTAATCTTAAATGAAATTACAGCGACCCCATTTCAAACATTTGGTCTGCAACCCTGTCCACGCCAACGCAAATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994395
ATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTTCAATTGGGGAAATGGAGATGCTGAAATTGGATGAAATCGGTTTGCTAAACAGATCAAAAGATAAAGAACCAGCTGCAGGCGGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057775423.1
MEGNPNIELVNSLQAQMESLRERINQLETENAKLSRQLSVCVCQKIAVSDKTPVDCSSSIGEMEMLKLDEIGLLNRSKDKEPAAGGNAMALHHLPKRYVALKVMYFGQRFYGFASEAQMDPTIESEIFKALHKTRLVSGDRKELQYSRCGRTDKGVRLLAK

XP_057775428.1
MEGNPNIELVNSLQAQMESLRERINQLETENAKLSRQLSVCVCQKIAVSDKTPVDCSSSIGEMEMLKLDEIGLLNRSKDKEPGGNAMALHHLPKRYVALKVMYFGQRFYGFASEAQMDPTIESEIFKALHKTRLVSGDRKELQYSRCGRTDKGVRLLAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器