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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004179

染色体: Chr07 坐标: 53743048-53743806 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004179
名称SmilChr07G004179
描述secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向53743048 - 53743806 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994405
GeneID130994405
locus_tag-
NCBI NameLOC130994405
原始查询LOC130994405

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述secreted RxLR effector protein 161-like
产物secreted RxLR effector protein 161-like
ArabidopsisAT4G23160 (CRK8)
cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415]
identity=35.2; qcov=0.71; evalue=2.56e-26; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=38.1; qcov=0.885; evalue=2.75e-38; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994405

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775431.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775431.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775431.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775431.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775431.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:53743091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:53743105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr7:53743113 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C55
Chr7:53743113 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 C55
Chr7:53743136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B45
Chr7:53743177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr7:53743191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B9,C82
Chr7:53743206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A7
Chr7:53743226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B9,C82
Chr7:53743239 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B114,B18
Chr7:53743239 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B18
Chr7:53743290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919448.1
ATGGGACATGGTATAATCTTGTTTAAGAAGGGTTGCCCTTCTAGTGACCAAGAGATTGAATACATGAAAAGGATCCCATATGCTTCTGCTATAGGATCGATAATGTATGCCATGACATCTACTAGGCCAGATGTGGCATATGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGAGGTACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994405
ATGGGACATGGTATAATCTTGTTTAAGAAGGGTTGCCCTTCTAGTGACCAAGAGATTGAATACATGAAAAGGATCCCATATGCTTCTGCTATAGGATCGATAATGTATGCCATGACATCTACTAGGCCAGATGTGGCATATGCGCTTAGCATGACAGGCAGATTTCAGCAAAATCCCGGTGAGGTACATTGGAGAACTGTCAAGACTATTCTAAAGTACCTTAGAAGGACTAAAGAATACTTCTTAGTCTATGGTGGACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775431.1
MGHGIILFKKGCPSSDQEIEYMKRIPYASAIGSIMYAMTSTRPDVAYALSMTGRFQQNPGEVHWRTVKTILKYLRRTKEYFLVYGGQPELSVTGYTDASFQTDHDDYKSPSGYVFILNGGAVSWNSSKQSTTADSTTEAEYIAASEDAKEAVALLEFVKELGVIPSTNCAIPLYCDNTGAVAQANEPRPTNRNKHIPRRYHLIREIIERGDVKLERVPTDDNLADPFTKPLCIAKHNKHFESLGVRHVGSWL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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