当前解析结果
SmilChr07G004330| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004330 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004330 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G004330 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 55862365 - 55863222 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994440 |
|---|---|
| GeneID | 130994440 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994440 |
| 原始查询 | LOC130994440 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0439900- identity=27.6; qcov=0.93; evalue=5.28e-26; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994440 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775465.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057775465.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057775465.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057775465.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775465.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:55862370 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B5,B62,C69 |
Chr7:55862377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B102,B47,B64,B86,D10 |
Chr7:55862389 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,A16,B130,B26,C62 |
Chr7:55862444 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B83,B97 |
Chr7:55862467 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 42 | A1,A14,A8,B10,B104,B11,B112,B114,B122,B128,B131,B137,B14,B16,B21,B22,B29,B3,B32,B40,B45,B47,B53,B59,B87,B93,C12,C14,C18,C22,C28,C3,C32,C4,C48,C52,C62,C67,C68,C7,C82,D5 |
Chr7:55862471 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | A22,B64,B73,C36 |
Chr7:55862471 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | A22,B64,B73,C36 |
Chr7:55862482 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A14,A24,B13,B133,B27,B37,B42,B43,B50,B57,B63,B82,B90,B92,C31,C6,C74,C77 |
Chr7:55862489 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 61 | A18,A19,A5,B10,B100,B107,B11,B127,B132,B14,B140,B25,B3,B39,B4,B44,B48,B54,B56,B58,B6,B60,B62,B69,B7,B70,B76,B79,B91,B95,B96,C18,C19,C2,C22,C23,C24,C25,C27,C34,C38,C39,C40,C43,C44,C47,C51,C52,C64,C65,C67,C71,C77,C78,C79,C83,D1,D11,D6,D7,D9 |
Chr7:55862496 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B122,B140,B68,D2 |
Chr7:55862506 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B39,B91,C39,D6 |
Chr7:55862506 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B39,B91,C39,D6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。