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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004353

染色体: Chr07 坐标: 56076709-56079116 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004353
名称SmilChr07G004353
描述uncharacterized SmilChr07G004353
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向56076709 - 56079116 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994444
GeneID130994444
locus_tag-
NCBI NameLOC130994444
原始查询LOC130994444

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994444

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775469.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775469.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775469.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775469.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775469.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:56076708 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 26 A21,A23,B101,B103,B133,B140,B16,B4,B40,B5,B78,B87,B89,C10,C14,C21,C34,C41,C43,C45,C47,C50,C58,C7,C84,D4
Chr7:56076712 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 26 A21,A23,B101,B103,B133,B140,B16,B4,B40,B5,B78,B87,B89,C10,C14,C21,C34,C41,C43,C45,C47,C50,C58,C7,C84,D4
Chr7:56076729 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 17 A23,B133,B140,B16,B4,B40,B5,B78,B87,C21,C43,C45,C47,C50,C58,C7,C84
Chr7:56076753 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 13 A21,A23,B140,B40,B5,B78,B87,C43,C45,C47,C58,C7,C84
Chr7:56076842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B131
Chr7:56076870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B16
Chr7:56076871 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A3,A7,B100,B102,B115,B126,B135,B17,B64,B66,C37,C38,C80,D4
Chr7:56076911 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B2,B91,C62
Chr7:56076975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,B22,C73
Chr7:56076981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr7:56077016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B91,B99
Chr7:56077024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B88,C32,C39,C68,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919486.1
ATGGATTCCGAGCATTCTACATATGGACTTCTTCTCTGCTGCCGTGAAGCGTGGGGCGGTCATCATCCAATTCTACTCACTGCATCGCAAGGCGGCCGAATTGAGACATCCGAGTTCACTTACTTATACAGAGGCAAGTTAATTAACTGTTGTAATGGTTTGTGCATAGAGGCATACTGTCGTCGTAGAATTCCATACATTACAAATCCCGCAACAAAGCAATCATTCATTATCCCTTCATTGCCTCAAAATCCATCGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994444
ATGGATTCCGAGCATTCTACATATGGACTTCTTCTCTGCTGCCGTGAAGCGTGGGGCGGTCATCATCCAATTCTACTCACTGCATCGCAAGGCGGCCGAATTGAGACATCCGAGTTCACTTACTTATACAGAGGCAAGTTAATTAACTGTTGTAATGGTTTGTGCATAGAGGCATACTGTCGTCGTAGAATTCCATACATTACAAATCCCGCAACAAAGCAATCATTCATTATCCCTTCATTGCCTCAAAATCCATCGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775469.1
MDSEHSTYGLLLCCREAWGGHHPILLTASQGGRIETSEFTYLYRGKLINCCNGLCIEAYCRRRIPYITNPATKQSFIIPSLPQNPSRVERFGYLWRLYYLSTGTFLSLLVGDNRDLSWDVWGMKSETGEWRKVLPDIKLGSQKCRLQPSAGKKDQVLEPFGWVKYPEVLALRFRGENRTCIFYNLDTHEINSTELPYSCSSYNGFVHKNSLVWLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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