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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004648

染色体: Chr07 坐标: 59311036-59312319 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004648
名称SmilChr07G004648
描述uncharacterized SmilChr07G004648
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59311036 - 59312319 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994533
GeneID130994533
locus_tag-
NCBI NameLOC130994533
原始查询LOC130994533

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=31.8; qcov=0.419; evalue=4.48e-26; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994533

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775561.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057775561.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775561.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775561.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775561.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59311134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C71
Chr7:59311162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr7:59311179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B131,B35
Chr7:59311245 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 26 A3,A9,B107,B113,B128,B131,B135,B17,B41,B5,B58,B59,B73,B77,B82,B85,C17,C19,C20,C21,C29,C35,C41,C67,C83,D3
Chr7:59311251 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B55,C82
Chr7:59311319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B126,B82
Chr7:59311329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:59311341 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A10,A14,A2,A5,A6,A9,B123,B126,B139,B14,B30,B34,B35,B55,B56,B70,B73,B85,B94,B96,C16,C23,C24,C54,C61,C82
Chr7:59311374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B26,B82
Chr7:59311385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr7:59311410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B94,C34,C40
Chr7:59311476 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 57 A22,A3,A7,A8,B100,B101,B102,B105,B108,B109,B110,B114,B117,B123,B129,B130,B131,B138,B139,B30,B33,B44,B47,B49,B58,B61,B62,B69,B71,B76,B77,B85,B86,B87,B91,C10,C16,C17,C18,C25,C28,C3,C34,C4,C51,C57,C62,C68,C70,C72,C73,C75,C76,C85,D10,D3,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919578.1
ATGGAGTCCGACCAACAGGTCCAGATTCTGGACAAAAGTTCTCTCAAGCTTCCTTTGGTTTCTTCTAACCTTTTGCGTCCTTCCCATTCACCCCGAACTGATGGGGCATCGAAAACCCTAGTTCCGCCGACAATAATCTCCAACGCTCACACCAGAACGGGAACTTCTACAGCGGTCCCTGATAGCAATACAGGCGTTACTCCGACGACGTCTTACGCTCGTGTCACAGCCCCCAAGTCTACGCGACCGAAAGATATCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994533
ATGGAGTCCGACCAACAGGTCCAGATTCTGGACAAAAGTTCTCTCAAGCTTCCTTTGGTTTCTTCTAACCTTTTGCGTCCTTCCCATTCACCCCGAACTGATGGGGCATCGAAAACCCTAGTTCCGCCGACAATAATCTCCAACGCTCACACCAGAACGGGAACTTCTACAGCGGTCCCTGATAGCAATACAGGCGTTACTCCGACGACGTCTTACGCTCGTGTCACAGCCCCCAAGTCTACGCGACCGAAAGATATCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775561.1
MESDQQVQILDKSSLKLPLVSSNLLRPSHSPRTDGASKTLVPPTIISNAHTRTGTSTAVPDSNTGVTPTTSYARVTAPKSTRPKDIPAHKFKALQPIRHGNQGTLVIPRDLQLFQLNKFKHALIGRLMLNKGDKPRQTRDLKEELQGLWKPSAPWHLMPMGKGYYTLKFQSQEDKAAAKEKLLWELSVGSIRLRDWVRYFDPYKESSSIAQIWVRIYYLPVELWHPEVISGIGRWLGQPLKIDGISMTEDVGSYVRMLVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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