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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004680`

染色体: Chr07 坐标: 59749431-59750062 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004680`
名称	SmilChr07G004680
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59749431 - 59750062 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994541`
GeneID	`130994541`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994541`
原始查询	`LOC130994541`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62890-like
Arabidopsis	`AT3G62890` (AT3G62890) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825464] identity=52.9; qcov=0.93; evalue=2.16e-64; confidence=high
Rice	`Os03g0821700` (OJ1754_E06.32) - identity=59.5; qcov=0.925; evalue=2.66e-74; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994541

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775567.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775567.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775567.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775567.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775567.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59749548`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B135,B46,B71,C55
`Chr7:59749593`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B7,B83,B85,B95,C41
`Chr7:59749593`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B7,B83,B85,B95,C41
`Chr7:59749703`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B16,B47,C19,C59
`Chr7:59749703`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B16,B47,C19,C59
`Chr7:59749745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:59749883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B8
`Chr7:59749889`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr7:59749935`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr7:59749979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B30,C71
`Chr7:59750020`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B70
`Chr7:59750020`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B70

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775567.1

187 aa

187

E_motif

DYW_deaminase

PF20431 E_motif 14-59 aa PF14432 DYW_deaminase 95-187 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775567.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	14	59	4.7e-11	43.5	E motif
`XP_057775567.1`	Pfam	`PF14432`	DYW_deaminase	Domain	95	187	3.3e-40	136.5	DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919584.1
ATGCGGCAACATGTTGAGCATGCTCTCAGGTACGGGCCTGAGCCTACGCAGGAGGCGAACTACGTGATGCTCGCCTCCGTCTACGCGAAGCTGTCGGATTGGGAGAAGAAAACCAGAGTGAGGGAGGCGATGAGGGAGAAAGGGATCAAGAAAATCCCGGGAAGCACCATGATCGAGCTCGGTGATGGGATTTACGAGTTCGTTGCAGGCGATAAATCGCATAAAGAGAAGGCGAAGATTTACGAGATGGTGGAGGAGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994541
ATGCGGCAACATGTTGAGCATGCTCTCAGGTACGGGCCTGAGCCTACGCAGGAGGCGAACTACGTGATGCTCGCCTCCGTCTACGCGAAGCTGTCGGATTGGGAGAAGAAAACCAGAGTGAGGGAGGCGATGAGGGAGAAAGGGATCAAGAAAATCCCGGGAAGCACCATGATCGAGCTCGGTGATGGGATTTACGAGTTCGTTGCAGGCGATAAATCGCATAAAGAGAAGGCGAAGATTTACGAGATGGTGGAGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775567.1
MRQHVEHALRYGPEPTQEANYVMLASVYAKLSDWEKKTRVREAMREKGIKKIPGSTMIELGDGIYEFVAGDKSHKEKAKIYEMVEEMERKMRALGYVSTTNDVLLDIEEEDKEGALNRHSEKLAIAFALLKTRPRSMIRMVKNLRVCGDCHSATKLISLIYEREIVVRDRNRFHHFKDGVCSCKDFW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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