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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004699

染色体: Chr07 坐标: 59894825-59898214 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004699
名称SmilChr07G004699
描述uncharacterized SmilChr07G004699
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向59894825 - 59898214 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994544
GeneID130994544
locus_tag-
NCBI NameLOC130994544
原始查询LOC130994544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775570.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057775570.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057775570.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775570.1
5 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057775570.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:59894884 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B70,C64
Chr7:59894888 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B45,B99,C16,C49,C84
Chr7:59894888 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B99,C16,C49,C84
Chr7:59894893 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B111
Chr7:59894893 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B111
Chr7:59894935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,D3
Chr7:59894942 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B133,B41,B78,C3,C46,C61
Chr7:59895079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B78,C50,D3
Chr7:59895178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C57
Chr7:59895211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B46
Chr7:59895215 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C46
Chr7:59895215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919587.1
ATGGGGAGGGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGCCTCCTGCCTCCGCCGGCGCCTCCACCTCAGGCTCAGATTGGGGCTGACATCCAAAGGAGGATTGATAGGCAAAATCAAAACCGGAACCAAAGGGCTATTGACAGGGTGGCGAAGCGTGTGCAGCCTCAGCCTGAGCAGCACAATGAGGAGCAGCACAATGTGGAGGCTGAGCCTCCGCCTGAGCAGCACAATGAGGAGGGTGGGCCTCAGCCCGAGGATGAGCAGCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994544
ATGGGGAGGGGGAGAGGGAGAGGGAGAGGCCTCCTGCCTCCGCCGGCGCCTCCACCTCAGGCTCAGATTGGGGCTGACATCCAAAGGAGGATTGATAGGCAAAATCAAAACCGGAACCAAAGGGCTATTGACAGGGTGGCGAAGCGTGTGCAGCCTCAGCCTGAGCAGCACAATGAGGAGCAGCACAATGTGGAGGCTGAGCCTCCGCCTGAGCAGCACAATGAGGAGGGTGGGCCTCAGCCCGAGGATGAGCAGCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775570.1
MGRGRGRGRGLLPPPAPPPQAQIGADIQRRIDRQNQNRNQRAIDRVAKRVQPQPEQHNEEQHNVEAEPPPEQHNEEGGPQPEDEQHNEEEEPQNLLLDNVDNENLGPHDLSPENLGPQNLLTAGDGEREEQAVDNVDNENLGPHDLSPENLGPQNLLTVGDEDEDDMPADNLNSEDDNLNLEDDPPLHNDNLNLVADPPIQPVVNLNFVADPPIQPEPVVREPPRGDMRDQGANSKRAVKTDKREQAQDGFNHFRPKDEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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