Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004708`

染色体: Chr07 坐标: 59947368-59947979 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004708`
名称	SmilChr07G004708
描述	uncharacterized SmilChr07G004708
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	59947368 - 59947979 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994545`
GeneID	`130994545`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994545`
原始查询	`LOC130994545`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0118800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=24.1; qcov=0.921; evalue=1.8e-09; confidence=weak
Rice	`Os02g0118800` - identity=29.4; qcov=0.906; evalue=5.79e-14; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775571.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057775571.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775571.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775571.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775571.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:59947416`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	53	A14,A18,A19,A20,A22,A3,A7,B101,B117,B122,B128,B129,B132,B133,B2,B26,B27,B40,B44,B51,B6,B65,B72,B85,B88,B90,B92,B94,C21,C22,C23,C28,C31,C32,C33,C34,C4,C40,C47,C50,C55,C59,C62,C63,C67,C7,C79,C80,C83,D1,D10,D5,D7
`Chr7:59947417`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	21	A13,A18,B10,B103,B113,B118,B14,B29,B62,B7,B71,B91,B97,C13,C3,C62,C64,C65,C66,C73,C75
`Chr7:59947421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B109,C11,C69
`Chr7:59947440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr7:59947471`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B60,B62,C39,C71
`Chr7:59947509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr7:59947522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:59947532`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A22,B129,B44,C40,D10,D7
`Chr7:59947643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr7:59947710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr7:59947767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B135,B17,B25,C35,C77
`Chr7:59947785`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775571.1

203 aa

102

203

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 32-126 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775571.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	32	126	3.6e-17	63.5	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919588.1
ATGGTTGAAACACTAACTGCGTTCATTTCAGAATTTGCTCTTTGCCCAGATAAGGAGGACGGCTGGATTTGGAAGGCGACAAAGGACGGGGTTTTTTCAACCAAGTCGGCGTATGAAGTTATCGCGGCGGCCAGGAATGAGCCTTCTCCGATGTCCATGTTTAAAGAGGAGTTAGCTCAAGTTTGGAAGACACCGGCACCACACAAGGCAAAGGTGATCGCGTGGAGATGCCTGCGAAATAGGTTGCCGACTTGCAATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994545
ATGGTTGAAACACTAACTGCGTTCATTTCAGAATTTGCTCTTTGCCCAGATAAGGAGGACGGCTGGATTTGGAAGGCGACAAAGGACGGGGTTTTTTCAACCAAGTCGGCGTATGAAGTTATCGCGGCGGCCAGGAATGAGCCTTCTCCGATGTCCATGTTTAAAGAGGAGTTAGCTCAAGTTTGGAAGACACCGGCACCACACAAGGCAAAGGTGATCGCGTGGAGATGCCTGCGAAATAGGTTGCCGACTTGCAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775571.1
MVETLTAFISEFALCPDKEDGWIWKATKDGVFSTKSAYEVIAAARNEPSPMSMFKEELAQVWKTPAPHKAKVIAWRCLRNRLPTCNNLVKRNVPLGIEETWCNACVTSFETAEHLFLHCPKVEIVWDKIQQWIDSKIVRSQGIPQHFTSFFCAARGKNSRKFLMALWVCTIWLIWEKRNDSRFEGKAWDTEKLVLEIKGRLWS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器