Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003868`

染色体: Chr07 坐标: 48141620-48142491 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003868`
名称	SmilChr07G003868
描述	uncharacterized SmilChr07G003868
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	48141620 - 48142491 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994577`
GeneID	`130994577`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994577`
原始查询	`LOC130994577`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823332]; symbol=AT3G42860; hit=AT3G42860; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823332]; symbol=AT3G42860; hit=AT3G42860; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G42860` (AT3G42860) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823332] identity=44.1; qcov=0.404; evalue=2e-06; confidence=low
Rice	`Os03g0786500` - identity=43.5; qcov=0.315; evalue=4.09e-06; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994577

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775601.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057775601.1`
3	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057775601.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775601.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775601.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:48141672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C23
`Chr7:48141780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:48141832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B86
`Chr7:48141859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B89
`Chr7:48141860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:48141888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr7:48141926`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr7:48142024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B42,B47,C23
`Chr7:48142025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr7:48142035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:48142041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B35,B44,C51
`Chr7:48142069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,B58,C31,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775601.1

146 aa

146

Zn_ribbon_GRF

PF06839 Zn_ribbon_GRF 20-61 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775601.1`	Pfam	`PF06839`	Zn_ribbon_GRF	Domain	20	61	8.8e-11	42.5	GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919618.1
GCTAAAACACACAAACTTTGGCCCGATTTTCAACTTTTCCATATACTTTAAATTTTGTCTGGATTTCCCTGAATTTAGGCTCGCGTTCAATTTTTCCACAATTTTTGCTCCGGCCTTATTATAAAGCTGACATGGCATATTTTGCTTGAACGAAAAGTTGACGTGGACACGCCGGACGGGATATTATATGACGTCGTTCTAAAAGACACGAACGACGTCGTTTTGTGTTGTTTTATCATCTATTTCGTGAGATTATGTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994577
ATGGCTTGTGCTAAATCTTCCTCCTCCGGCGGTTCGGCCATGGCCGACATGACCACAAAGTGTTACTGCGGAAGCCGCGTCGTGCTTTTGACGTCGCAAACACAACAAAACCCTGGACGGAGGTTCATATGTTGTCCGAAGAAAGATATTAAGGCTCAGTGTCGATTTTTCGATTGGGTTGATCCCGAGACTCCGATAGGAGAGGCAGAAGAAGAAGATGATGGTGAATCGAAACTAACTTTCTGGATTGGCGAATACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775601.1
MACAKSSSSGGSAMADMTTKCYCGSRVVLLTSQTQQNPGRRFICCPKKDIKAQCRFFDWVDPETPIGEAEEEDDGESKLTFWIGEYYRQQQYLEADMMRIRQLEAEIKHLKKKKKDNKKLFVNMKQFMYGACFGVLVYAVSMSLIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器