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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003892

染色体: Chr07 坐标: 48760580-48783489 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003892
名称SmilChr07G003892
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向48760580 - 48783489 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994593
GeneID130994593
locus_tag-
NCBI NameLOC130994593
原始查询LOC130994593

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
ArabidopsisAT4G38180 (FRS5)
FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974]
identity=29.2; qcov=0.657; evalue=4e-85; confidence=low
RiceOs06g0166100
-
identity=34.9; qcov=0.651; evalue=4.85e-114; confidence=low
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF10551 (MULE); PF21056 (ZSWIM1-3_RNaseH-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775626.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775626.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775626.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775626.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775626.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:48760864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B66,B98
Chr7:48760873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B66,B98
Chr7:48760994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C60,C82
Chr7:48761209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,C14,C85
Chr7:48761221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:48761255 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B40,B88,C40,C87
Chr7:48761265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B64,C82,D4
Chr7:48761280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C68
Chr7:48761429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B31
Chr7:48761647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr7:48761673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:48761719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,B88,C40,C53,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775626.1
965 aa
N
1
482
965
FAR1
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
C
PF03101 FAR1 104-194 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 286-399 aa PF10551 MULE 316-410 aa
XP_057775627.1
929 aa
N
1
464
929
FAR1
ZSWIM1-3_RNaseH-like
MULE
C
PF03101 FAR1 104-194 aa PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like 286-399 aa PF10551 MULE 316-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775626.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 104 194 5.3e-15 56.6 FAR1 DNA-binding domain
XP_057775626.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 286 399 4.4e-10 40.3 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057775626.1 Pfam PF10551 MULE Domain 316 410 3.9e-29 101.6 MULE transposase domain
XP_057775627.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 104 194 3.6e-15 57.2 FAR1 DNA-binding domain
XP_057775627.1 Pfam PF21056 ZSWIM1-3_RNaseH-like Domain 286 399 4.6e-10 40.2 Zinc finger SWIM domain-containing protein 1/3, RNaseH-like domain
XP_057775627.1 Pfam PF10551 MULE Domain 316 410 3.6e-29 101.7 MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919644.1
AGCTGATTTTAATTATTAAATTTCTCATAGTAATCAGTGAGATTAAGGTATGAGTAACATGATGCATAAGTAGAAGGGCCTTCACTAAAGGTATTTACAATTTCAATACATGGAGGGCTGGCAAAACATTTCACGAGAGAGTTGAGTTAACGCTGTTAACTCCTTCCGTGAAGTCATCATTACGTTCTCGGGGCACGTTATAATTCGGCATCAGCATTGGGCAACTTATGCTGGTTAATGATGGATTTTAATTTGAACGA...
XM_057919643.1
AGCTGATTTTAATTATTAAATTTCTCATAGTAATCAGTGAGATTAAGGTATGAGTAACATGATGCATAAGTAGAAGGGCCTTCACTAAAGGTATTTACAATTTCAATACATGGAGGGCTGGCAAAACATTTCACGAGAGAGTTGAGTTAACGCTGTTAACTCCTTCCGTGAAGTCATCATTACGTTCTCGGGGCACGTTATAATTCGGCATCAGCATTGGGCAACTTATGCTGGTTAATGATGGATTTTAATTTGAACGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994593
ATGATGGATTTTAATTTGAACGAGTATCCAACTAATGATGTTGGCGATGAAGATGAAGTATCGTCAAGGAAGGAAGCATTTGTTGATGACAATAATGTTGAAAATAGAAACGAAGATTGTGATGATAATTCAGATGTTGGAGACGGAGATAAGGATGAAAGCGTTGAAGAAGTTGAGGAAAATGTTGAAGATGAGCAACATGTTGAGCATGATTGTGCCAATTTTGTCGATCTACTTAATAGGATTGATGTACTTGAGAT...
LOC130994593
ATGATGGATTTTAATTTGAACGAGTATCCAACTAATGATGTTGGCGATGAAGATGAAGTATCGTCAAGGAAGGAAGCATTTGTTGATGACAATAATGTTGAAAATAGAAACGAAGATTGTGATGATAATTCAGATGTTGGAGACGGAGATAAGGATGAAAGCGTTGAAGAAGTTGAGGAAAATGTTGAAGATGAGCAACATGTTGAGCATGATTGTGCCAATTTTGTCGATCTACTTAATAGGATTGATGTACTTGAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775626.1
MMDFNLNEYPTNDVGDEDEVSSRKEAFVDDNNVENRNEDCDDNSDVGDGDKDESVEEVEENVEDEQHVEHDCANFVDLLNRIDVLEMVLDVGKSVNDPEAAHILYCEYARLKGFSVTRDNKGYFNHTKICSFQTFLCSCHGRSETKTSLDRGMATYKKQDRKTMCKAKLRVSRRRNQPWKVSSWYREHNHELFPSGQSYLLRSARSVSKCKKLLIEAMNSAGIGISRACAFIEKESGGPQNCGFTRKDAYNHINGLKMKT...
XP_057775627.1
MMDFNLNEYPTNDVGDEDEVSSRKEAFVDDNNVENRNEDCDDNSDVGDGDKDESVEEVEENVEDEQHVEHDCANFVDLLNRIDVLEMVLDVGKSVNDPEAAHILYCEYARLKGFSVTRDNKGYFNHTKICSFQTFLCSCHGRSETKTSLDRGMATYKKQDRKTMCKAKLRVSRRRNQPWKVSSWYREHNHELFPSGQSYLLRSARSVSKCKKLLIEAMNSAGIGISRACAFIEKESGGPQNCGFTRKDAYNHINGLKMKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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