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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003902

染色体: Chr07 坐标: 49095052-49110070 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003902
名称SmilChr07G003902
描述kinesin-like protein KIN-UB
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向49095052 - 49110070 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994604
GeneID130994604
locus_tag-
NCBI NameLOC130994604
原始查询LOC130994604

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-UB
产物kinesin-like protein KIN-UB
ArabidopsisAT1G12430 (ARK3)
armadillo repeat kinesin 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837799]
identity=69.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0152900 (KINUA)
-
identity=51.3; qcov=0.982; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF00514 (Arm); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994604

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057775641.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 1.00000 XP_057775641.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057775641.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775641.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775641.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:49095238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B17,C5,C79
Chr7:49095287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C31
Chr7:49096925 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C26
Chr7:49097488 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D7
Chr7:49097488 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D7
Chr7:49098364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B42,B43
Chr7:49105629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C77,C81
Chr7:49109102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:49109434 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr7:49109646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B126,C27,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775641.1
914 aa
N
1
457
914
Microtub_bd
Kinesin
Arm
C
PF16796 Microtub_bd 65-210 aa PF00225 Kinesin 73-410 aa PF00514 Arm 688-725 aa
XP_057775642.1
912 aa
N
1
456
912
Microtub_bd
Kinesin
Arm
C
PF16796 Microtub_bd 66-208 aa PF00225 Kinesin 71-408 aa PF00514 Arm 686-723 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775641.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 65 210 1.4e-17 64.8 Microtubule binding
XP_057775641.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 73 410 2.2e-97 326.7 Kinesin motor domain
XP_057775641.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 688 725 2.1e-18 66.3 Armadillo/beta-catenin-like repeat
XP_057775642.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 66 208 1.5e-16 61.4 Microtubule binding
XP_057775642.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 71 408 2.3e-97 326.6 Kinesin motor domain
XP_057775642.1 Pfam PF00514 Arm Repeat 686 723 2.1e-18 66.4 Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919658.1
TTACGAGCCCCACACCAACCCCACTCCCTCTCTCTTTTCAACTGTCAAGCAACTCCAAAAAGCTTACCTTTCTTCCATTTTCATTTTCGAACGCCTCTGATCACTTCCAAATTCCCACAAAATAATGTGAAGAAAAAGTAGGAGATACAAGAAAACAAAATGTCTGCACATAGCTACAAGAATGGCGGCAGCGCATCAAGAGGAGGAGCTATCAAGTTTGAGAATTATAGCAATAGTAATTCTAAATACTCACCATCTTC...
XM_057919659.1
TACGAGCCCCACACCAACCCCACTCCCTCTCTCTTTTCAACTGTCAAGCAACTCCAAAAAGCTTACCTTTCTTCCATTTTCATTTTCGAACGCCTCTGATCACTTCCAAATTCCCACAAAATAATGTGAAGAAAAAGTAGGAGATACAAGAAAACAAAATGTCTGCACATAGCTACAAGAATGGCGGCAGCGCATCAAGAGGAGGAGCTATCAAGTTTGAGAATTATAGCAATAGTAATTCTAAATACTCACCATCTTCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994604
ATGTCTGCACATAGCTACAAGAATGGCGGCAGCGCATCAAGAGGAGGAGCTATCAAGTTTGAGAATTATAGCAATAGTAATTCTAAATACTCACCATCTTCTTCTCTCAAGTCGAAGGTGCAGCAGCCCATGCCGGCTGCTTCCAGTCTCCGCCGCGGAAGCACCGGCTCCGGCCGAGATTATTCCACAATTTCAGGGAGAGTGAGAGTTGCTGTCAGATTAAGGCCTAGAAATTCTGAAGAGATGGTAGCGGATGCTGA...
LOC130994604
ATGTCTGCACATAGCTACAAGAATGGCGGCAGCGCATCAAGAGGAGGAGCTATCAAGTTTGAGAATTATAGCAATAGTAATTCTAAATACTCACCATCTTCTTCTCTCAAGTCGAAGGTGCAGCAGCCCATGCCGGCTGCTTCCAGTCTCCGCCGCGGAAGCACCGGCTCCGGCCGAGATTATTCCACAAGGAGAGTGAGAGTTGCTGTCAGATTAAGGCCTAGAAATTCTGAAGAGATGGTAGCGGATGCTGATTTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775641.1
MSAHSYKNGGSASRGGAIKFENYSNSNSKYSPSSSLKSKVQQPMPAASSLRRGSTGSGRDYSTISGRVRVAVRLRPRNSEEMVADADFADCVELQPELKRLKLQKNNWDSDTYEFDEVLTEYASQKRVYEVVAKPVVESVLDGYNGTVMAYGQTGTGKTYTLGRLGEEDAAARGIMLRAMEDILAEVSPENDLVSVSYFQLYMETIQDLLNPSNDNITIVEDPKTGDVSLPGATLVEVRDHKSFMQLLQLGEAHRFAANT...
XP_057775642.1
MSAHSYKNGGSASRGGAIKFENYSNSNSKYSPSSSLKSKVQQPMPAASSLRRGSTGSGRDYSTRRVRVAVRLRPRNSEEMVADADFADCVELQPELKRLKLQKNNWDSDTYEFDEVLTEYASQKRVYEVVAKPVVESVLDGYNGTVMAYGQTGTGKTYTLGRLGEEDAAARGIMLRAMEDILAEVSPENDLVSVSYFQLYMETIQDLLNPSNDNITIVEDPKTGDVSLPGATLVEVRDHKSFMQLLQLGEAHRFAANTKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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