Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003905

染色体: Chr07 坐标: 49240146-49243706 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003905
名称SmilChr07G003905
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向49240146 - 49243706 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994607
GeneID130994607
locus_tag-
NCBI NameLOC130994607
原始查询LOC130994607

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g12460
ArabidopsisAT1G12460 (AT1G12460)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837803]
identity=62.3; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0127700
-
identity=58.2; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994607

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057775646.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775646.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775646.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775646.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775646.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:49240946 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:49241273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B136,B19
Chr7:49241281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B136,B19
Chr7:49241472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B136,B19
Chr7:49241484 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B140,B65,C41,D6
Chr7:49241731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B85
Chr7:49241831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr7:49242316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B85
Chr7:49242369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:49242432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:49242489 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr7:49242495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B140,B65,C41,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775646.1
884 aa
N
1
442
884
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 31-70 aa PF00560 LRR_1 123-144 aa PF13855 LRR_8 290-349 aa PF00560 LRR_1 315-336 aa PF00560 LRR_1 387-408 aa PF00560 LRR_1 410-432 aa PF00560 LRR_1 434-455 aa PF00069 Pkinase 600-873 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 600-874 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775646.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 31 70 1.1e-06 29.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057775646.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 123 144 5e-34 109.7 Leucine Rich Repeat
XP_057775646.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 290 349 4.9e-30 103.8 Leucine rich repeat
XP_057775646.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 315 336 5e-34 109.7 Leucine Rich Repeat
XP_057775646.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 387 408 5e-34 109.7 Leucine Rich Repeat
XP_057775646.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 410 432 5e-34 109.7 Leucine Rich Repeat
XP_057775646.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 434 455 5e-34 109.7 Leucine Rich Repeat
XP_057775646.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 600 873 8.5e-31 108.0 Protein kinase domain
XP_057775646.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 600 874 2e-33 116.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919663.1
TAATGGTCAAATACTTGAGCTTTCAGACAGAATGGCTTCATCCCTTGTTTGTGATGGAATGCTACTAATTTAATTAGCTTTCAGACAGCAATGAAATGAAATGTGAGAGAGAGATGGAGACTTGAGTTTTACATCTTGTACCACGTGGAGGCAACCCTCAAATCTCACAGTTTTTTCACTTTGCCATATGCATCACAAAAGAGAAAGCTATTAAATAAATCACCCAAATGCGTCTGTTTCCAGCCAAGCTTGGCAGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994607
ATGAGAATTCGAGGTACAACACTCCACTGCATTGTGTTCCTTTATGCATTTTGTCTGCTTGAATTTTTGGTGGTTGTAGTCTCTCCAATCACGGAGAAGGAGATTCTTCTTCAATTTAGAGGCAACATTTCTAGCGACCCTTTTGATAGTTTGAGCTCTTGGATTCCTAGTAATAGCCCTTGCGAAGATTACCAAGGGGTGTTCTGTAATTCTAATGGGAATGTGGTGAAGATTGTGTTGTGGAACACTAATCTTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775646.1
MRIRGTTLHCIVFLYAFCLLEFLVVVVSPITEKEILLQFRGNISSDPFDSLSSWIPSNSPCEDYQGVFCNSNGNVVKIVLWNTNLDGVLSPSLSGLKSLRIITLFGNKLTGNIPFEYGQLSTLWKINLSSNALSGSIPEFLGDLPNIRFLDLSRNGYSGEIPSTLFQNCYKTRFVSLAHNNLSGPIPVSVGNCSNLEGIDVSFNSLSGALPLQICSPPRMMYLSVRSNMLSGAVEEQLSQCRSLNLLDLGSNMFTGAAPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器