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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003920

染色体: Chr07 坐标: 49493237-49498552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003920
名称SmilChr07G003920
描述syntaxin-81-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向49493237 - 49498552 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994620
GeneID130994620
locus_tag-
NCBI NameLOC130994620
原始查询LOC130994620

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述syntaxin-81-like
产物syntaxin-81-like
ArabidopsisAT1G51740 (SYP81)
syntaxin of plants 81 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841599]
identity=70.3; qcov=1; evalue=8.8e-145; confidence=high
RiceOs12g0154400
-
identity=64.8; qcov=1; evalue=1.09e-137; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006890 (retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0031201 (SNARE complex)
KEGGsmil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF10496 (Syntaxin-18_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057775656.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057775656.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057775656.1
4 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057775656.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775656.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:49493864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr7:49494329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B134,B88
Chr7:49497567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:49497577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:49497654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B129,C83
Chr7:49497686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:49497903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C34
Chr7:49497942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:49498247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B125,C50,C64,C66
Chr7:49498330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B108,B135
Chr7:49498351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr7:49498377 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 82 A1,A13,A15,A18,A19,A23,A25,A7,B101,B102,B103,B105,B108,B109,B11,B113,B114,B118,B119,B120,B122,B123,B131,B133,B138,B139,B140,B22,B24,B26,B28,B30,B32,B36,B45,B48,B49,B5,B53,B6,B63,B65,B70,B72,B79,B81,B82,B83,B84,B86,B88,B90,B92,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C24,C27,C28,C3,C33,C34,C35,C36,C37,C44,C48,C5,C56,C63,C65,C67,C7,C74,C76,C83,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775656.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
XP_057775657.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
XP_057775658.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
XP_057775659.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
XP_057775660.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
XP_057775661.1
317 aa
N
1
158
317
Syntaxin-18_N
C
PF10496 Syntaxin-18_N 6-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775656.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus
XP_057775657.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus
XP_057775658.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus
XP_057775659.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus
XP_057775660.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus
XP_057775661.1 Pfam PF10496 Syntaxin-18_N Domain 6 86 3.4e-15 56.8 SNARE-complex protein Syntaxin-18 N-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919677.1
GACAAATTAGCCAAACTTAAAAAAACAAAATTTTATTTTGGAAAGTGAAAAGGGGGTAAATGCCCTTGCATGTACCCCGACTATCCAACCCTAATTCTTGTAAATAAAATTCGAATTTAATTTGTGCAGGAAGAAAGAAGCAAATCTGTGCAATGTATTAACTTTGAACTTATTATTCTATTACGGTATTACCAGATCGTTCTCTCACTAGAAGTGCGCTTTTGAGCTAAAAAGGTGTTGAAGGCATGGCAAAAGCCAGA...
XM_057919678.1
GACAAATTAGCCAAACTTAAAAAAACAAAATTTTATTTTGGAAAGTGAAAAGGGGGTAAATGCCCTTGCATGTACCCCGACTATCCAACCCTAATTCTTGTAAATAAAATTCGAATTTAATTTGTGCAGGAAGAAAGAAGCAAATCTGTGCAATGTATTAACTTTGAACTTATTATTCTATTACGCTAAAAAGGTGTTGAAGGCATGGCAAAAGCCAGAGATAGAGCTGAGGATTTTAAGGATGCTGCGCACCGAGCAGC...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130994620
ATGGCAAAAGCCAGAGATAGAGCTGAGGATTTTAAGGATGCTGCGCACCGAGCAGCTCTGAATTTGGGATATGATGAGTCCAAAATTGCAGCATTAATGGCGTCTTTTATCATGCATAAATCTTTGGAAAGATCGTCTTTCACCAAAGCTGCACTAACAACGCTTGAGAGTATTAAAGCTTTAGAGCAGTTCCTCTTGAAGCATAAGAAGGATTATGTAGATGTACACCGAATTACTGAACAAGAGAGGGATAGCATCGA...
LOC130994620
ATGGCAAAAGCCAGAGATAGAGCTGAGGATTTTAAGGATGCTGCGCACCGAGCAGCTCTGAATTTGGGATATGATGAGTCCAAAATTGCAGCATTAATGGCGTCTTTTATCATGCATAAATCTTTGGAAAGATCGTCTTTCACCAAAGCTGCACTAACAACGCTTGAGAGTATTAAAGCTTTAGAGCAGTTCCTCTTGAAGCATAAGAAGGATTATGTAGATGTACACCGAATTACTGAACAAGAGAGGGATAGCATCGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057775656.1
MAKARDRAEDFKDAAHRAALNLGYDESKIAALMASFIMHKSLERSSFTKAALTTLESIKALEQFLLKHKKDYVDVHRITEQERDSIEHEVTVFIKACKEQIDVLKNSINDEEANSKGWLGMRSDNLNADTIAHKHGVVLILSEKLHSVTSQFDQLRAVRFRDAINRVTPRRKLKQSGPTAVTESSTSGNIESREVSNSEIRRTDDAQAEPIRFQQQQLDDETHALQVELASMLDAVRDTETKMVEMSALNHLISTHVLQQ...
XP_057775657.1
MAKARDRAEDFKDAAHRAALNLGYDESKIAALMASFIMHKSLERSSFTKAALTTLESIKALEQFLLKHKKDYVDVHRITEQERDSIEHEVTVFIKACKEQIDVLKNSINDEEANSKGWLGMRSDNLNADTIAHKHGVVLILSEKLHSVTSQFDQLRAVRFRDAINRVTPRRKLKQSGPTAVTESSTSGNIESREVSNSEIRRTDDAQAEPIRFQQQQLDDETHALQVELASMLDAVRDTETKMVEMSALNHLISTHVLQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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