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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003931

染色体: Chr07 坐标: 49612409-49613761 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003931
名称SmilChr07G003931
描述uncharacterized SmilChr07G003931
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向49612409 - 49613761 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994628
GeneID130994628
locus_tag-
NCBI NameLOC130994628
原始查询LOC130994628

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=medium
产物transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G22900 (AT4G22900)
transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]
identity=43.2; qcov=1.06; evalue=8.9e-78; confidence=medium
RiceOs12g0117800
-
identity=31.4; qcov=0.943; evalue=4.82e-33; confidence=low
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF06697 (DUF1191)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994628

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057775669.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775669.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775669.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775669.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775669.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:49612773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B87,C22,D11
Chr7:49612836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:49612843 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C54
Chr7:49612843 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C54
Chr7:49612855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C5,D1
Chr7:49612857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr7:49612945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C37,C39,C70
Chr7:49613006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B24,B53,D5
Chr7:49613180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C9
Chr7:49613195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B15,B70,B9,C79
Chr7:49613506 AGT A 2bp_deletion frameshift_variant 109 A10,A13,A14,A19,A2,A25,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B100,B106,B107,B110,B113,B119,B122,B125,B128,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B19,B24,B28,B29,B32,B33,B36,B38,B39,B44,B45,B52,B54,B55,B6,B62,B63,B67,B68,B69,B7,B72,B81,B83,B85,B86,B89,B92,B93,B94,B97,B99,C1,C10,C11,C15,C19,C2,C21,C22,C29,C3,C31,C4,C41,C42,C44,C45,C46,C50,C54,C55,C56,C57,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C71,C73,C74,C76,C77,C8,C80,C82,C83,C85,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775669.1
314 aa
N
1
157
314
DUF1191
C
PF06697 DUF1191 30-222 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775669.1 Pfam PF06697 DUF1191 Family 30 222 2.4e-49 168.3 Protein of unknown function (DUF1191)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919686.1
GCCTTCCCTTTCCACATATATACTGTTGAAACTAAAGAAAAACAGTTCCTCTTTTGTTTCCCCACAAAGCACAACACAGACATTTTGATCAGCATTAGCAAAACCCCCAATTAAATACAACTAATGAAGCTCCTATTTTTATGTCTGAAACAGAAACCACATTCATTCCCTTTCAACAAATCCTGTGATCACAAAATCTTTAAATGGGCTCCTCCCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994628
ATGGGCTCCTCCCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCACTCTCACTCTCACTCCTACTCGCCCCAAAAGCTGAAACTCTCGAGATCAAATCAGCCACCACTCTCGATTCCCTCATCCGTGACTACACCTTGCGATCATACACCACCAACAGTTTCAAGACCGGCAAGCTCTACGACGTCGTTTTACCGGCAAATCTCTCCGCCGCCGGCATACACGCCGACGCAATAAGGCTACGCTGCGGCAGCCTCCAACGCTACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775669.1
MGSSLFSLSLSLSLSLSLLLAPKAETLEIKSATTLDSLIRDYTLRSYTTNSFKTGKLYDVVLPANLSAAGIHADAIRLRCGSLQRYGARIKEFHLDSGANAHPCIERLILVRQSVASNWSSVFYNTGELSAYRLVSPILGLLAYTIGGGGGNISSIPTELTQPRKNPISIDFTNATLLLDKSKSGSPLCASFGVDGKVAVWKQERANVCAAAGQGHFGVVVEVALMPLKGKVSKAKIVVVSSIGAALGAFLLSLLVIAML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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