当前解析结果
SmilChr07G003931| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003931 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003931 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003931 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 49612409 - 49613761 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994628 |
|---|---|
| GeneID | 130994628 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994628 |
| 原始查询 | LOC130994628 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389]; symbol=AT4G22900; hit=AT4G22900; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT4G22900 (AT4G22900)transmembrane protein, putative (DUF1191) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828389] identity=43.2; qcov=1.06; evalue=8.9e-78; confidence=medium |
| Rice | Os12g0117800- identity=31.4; qcov=0.943; evalue=4.82e-33; confidence=low |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06697 (DUF1191) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994628 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057775669.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775669.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775669.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775669.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775669.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:49612773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B87,C22,D11 |
Chr7:49612836 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr7:49612843 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C54 |
Chr7:49612843 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C54 |
Chr7:49612855 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C5,D1 |
Chr7:49612857 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B51 |
Chr7:49612945 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C37,C39,C70 |
Chr7:49613006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B24,B53,D5 |
Chr7:49613180 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,C9 |
Chr7:49613195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B137,B15,B70,B9,C79 |
Chr7:49613506 |
AGT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 109 | A10,A13,A14,A19,A2,A25,A3,A4,A5,A8,A9,B1,B100,B106,B107,B110,B113,B119,B122,B125,B128,B131,B132,B134,B135,B136,B138,B19,B24,B28,B29,B32,B33,B36,B38,B39,B44,B45,B52,B54,B55,B6,B62,B63,B67,B68,B69,B7,B72,B81,B83,B85,B86,B89,B92,B93,B94,B97,B99,C1,C10,C11,C15,C19,C2,C21,C22,C29,C3,C31,C4,C41,C42,C44,C45,C46,C50,C54,C55,C56,C57,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C71,C73,C74,C76,C77,C8,C80,C82,C83,C85,C87,C9,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775669.1PF06697
DUF1191 30-222 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775669.1 |
Pfam | PF06697 |
DUF1191 | Family | 30 | 222 | 2.4e-49 | 168.3 | Protein of unknown function (DUF1191) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。