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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004008

染色体: Chr07 坐标: 51119058-51122991 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004008
名称SmilChr07G004008
描述protein ABCI7, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51119058 - 51122991 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994693
GeneID130994693
locus_tag-
NCBI NameLOC130994693
原始查询LOC130994693

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein ABCI7, chloroplastic
产物protein ABCI7%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G32500 (ABCI7)
non-intrinsic ABC protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840144]
identity=59.1; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0127300 (OsABCI4)
-
identity=47; qcov=0.925; evalue=5.13e-120; confidence=high
GOGO:0016226 (iron-sulfur cluster assembly)
KEGG-
PfamPF01458 (SUFBD_core); PF19295 (SufBD_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994693

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057775745.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057775745.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775745.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775745.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775745.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51119299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:51119301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C77
Chr7:51119309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:51119338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B24,B53,D5
Chr7:51119854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:51121276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:51121361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr7:51122254 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775745.1
483 aa
N
1
242
483
SufBD_N
SUFBD_core
C
PF19295 SufBD_N 62-203 aa PF01458 SUFBD_core 221-450 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775745.1 Pfam PF19295 SufBD_N Family 62 203 1.1e-09 38.9 SufBD protein N-terminal region
XP_057775745.1 Pfam PF01458 SUFBD_core Domain 221 450 1.1e-67 228.7 SUF system FeS cluster assembly, SufBD core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091880.1
ATTTTCATCAAACAAGATATTAGGGTATCATAAATATATTGTTATAGTGAAATACTACTTGGGTCAATAACCGAACCAGCCGAAGCGGAAGGGCAGAACCGGTGGCAGTTCCTGGGTTTAAAAGCAGTGGTCAAAGCAACAGCGGCGAATTCCGTCAAAAATCTCTGCTATTCAGACGGCGGAGTCAATGTCTCTCTCAGCTCTCAACTCTTACCTCCCTAAACCATGCGCGCCGCCGAGACCCGGCGGCCGACCCACCA...
XR_009091881.1
CTACTTGGGTCAATAACCGAACCAGCCGAAGCGGAAGGGCAGAACCGGTGGCAGTTCCTGGGTTTAAAAGCAGTGGTCAAAGCAACAGCGGCGAATTCCGTCAAAAATCTCTGCTATTCAGACGGCGGAGTCAATGTCTCTCTCAGCTCTCAACTCTTACCTCCCTAAACCATGCGCGCCGCCGAGACCCGGCGGCCGACCCACCAGAACTAAAGTCTTCGCCCAGCCCCCAACCCTCGCAATCCTCTCAGACCCTCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994693
ATGTCTCTCTCAGCTCTCAACTCTTACCTCCCTAAACCATGCGCGCCGCCGAGACCCGGCGGCCGACCCACCAGAACTAAAGTCTTCGCCCAGCCCCCAACCCTCGCAATCCTCTCAGACCCTCACGTTCTCCGGCTAGCAGAGACTCTCGAGGACTCCATCGCCGCCTCCTCCTCCTCTCCTCCTCCGCCTCTTCAGAAGCTCAGGGACATCTCCTCCCAATCCCTCCTCACGACGCCGTGGCCTTCTAGAAAAGACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775745.1
MSLSALNSYLPKPCAPPRPGGRPTRTKVFAQPPTLAILSDPHVLRLAETLEDSIAASSSSPPPPLQKLRDISSQSLLTTPWPSRKDEPFRFTDTSFIRNSEVHPVTLAPTQNLDVLSGLADSISPNIAIIDGYLVESLSNLSELPDGVFVGRLSDLNSKGLMEKVSKYVSNFQGDLFWSLNGVGAPDVVLVYVPEGCKVEKPLGLRFVSMNRSYKGSKSLPISNPRVLVLVEKGGDIGIVEEYVGGDGDDRCYWTNSVME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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