当前解析结果
SmilChr07G004008| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004008 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004008 |
| 描述 | protein ABCI7, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 51119058 - 51122991 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994693 |
|---|---|
| GeneID | 130994693 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994693 |
| 原始查询 | LOC130994693 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein ABCI7, chloroplastic |
| 产物 | protein ABCI7%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT1G32500 (ABCI7)non-intrinsic ABC protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840144] identity=59.1; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0127300 (OsABCI4)- identity=47; qcov=0.925; evalue=5.13e-120; confidence=high |
| GO | GO:0016226 (iron-sulfur cluster assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01458 (SUFBD_core); PF19295 (SufBD_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994693 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057775745.1 |
| 2 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.80000 | XP_057775745.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057775745.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775745.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775745.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:51119299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr7:51119301 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C77 |
Chr7:51119309 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:51119338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B24,B53,D5 |
Chr7:51119854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr7:51121276 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B101 |
Chr7:51121361 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C6 |
Chr7:51122254 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775745.1PF19295
SufBD_N 62-203 aa
PF01458
SUFBD_core 221-450 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775745.1 |
Pfam | PF19295 |
SufBD_N | Family | 62 | 203 | 1.1e-09 | 38.9 | SufBD protein N-terminal region |
XP_057775745.1 |
Pfam | PF01458 |
SUFBD_core | Domain | 221 | 450 | 1.1e-67 | 228.7 | SUF system FeS cluster assembly, SufBD core domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
6 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。