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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004044

染色体: Chr07 坐标: 51766830-51767939 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004044
名称SmilChr07G004044
描述protein LURP-one-related 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51766830 - 51767939 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994727
GeneID130994727
locus_tag-
NCBI NameLOC130994727
原始查询LOC130994727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LURP-one-related 3-like
产物protein LURP-one-related 3-like
ArabidopsisAT1G53875 (AT1G53875)
LURP-one-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717350]
identity=39.4; qcov=1.06; evalue=2.74e-48; confidence=medium
RiceOs07g0672600 (P0470D12.133)
-
identity=37.4; qcov=1.06; evalue=9.63e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04525 (LOR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775775.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057775775.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775775.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775775.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775775.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51766917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B72
Chr7:51766959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr7:51767552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr7:51767621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775775.1
201 aa
N
1
100
201
LOR
C
PF04525 LOR 25-194 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775775.1 Pfam PF04525 LOR Domain 25 194 2.2e-32 113.5 LURP-one-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919792.1
TTTATTAATGGCCAAAGTATACCCTAAAAGATCGATGATCCAGGGTTGCTCCGGTGAGTACACGTCATCAGAGACAGAAGTCTTCACCGTTTGGATGAAATCCCTCGTGATCAACGGCAACGGCTGCACCGTCTTCAACTCCGAAGGTGGTGTTGTGTTTCGTGTCGATAACTACCAAACAAAGTCTACCACTGAAACCCTACTCATGAACTTGCATGGTCAAGTGCTCTTCTCCATTAGGAGAAAGACACTAGTGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994727
ATGGCCAAAGTATACCCTAAAAGATCGATGATCCAGGGTTGCTCCGGTGAGTACACGTCATCAGAGACAGAAGTCTTCACCGTTTGGATGAAATCCCTCGTGATCAACGGCAACGGCTGCACCGTCTTCAACTCCGAAGGTGGTGTTGTGTTTCGTGTCGATAACTACCAAACAAAGTCTACCACTGAAACCCTACTCATGAACTTGCATGGTCAAGTGCTCTTCTCCATTAGGAGAAAGACACTAGTGTTTTTGAGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775775.1
MAKVYPKRSMIQGCSGEYTSSETEVFTVWMKSLVINGNGCTVFNSEGGVVFRVDNYQTKSTTETLLMNLHGQVLFSIRRKTLVFLRRWEGHKWHNSKVDREGTWFKVKKKWKFFASGLVSCHAVLRCNNITSILKILGFQRKLTFKIMDWEGRVLAEVIGKETAGGVALGDDVLTLVVEPQIDQALVMALVIAYAMVNDKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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