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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004049

染色体: Chr07 坐标: 51796513-51798344 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004049
名称SmilChr07G004049
描述uncharacterized SmilChr07G004049
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51796513 - 51798344 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994730
GeneID130994730
locus_tag-
NCBI NameLOC130994730
原始查询LOC130994730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775779.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775779.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775779.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775779.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775779.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51797252 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 8 A21,A3,B115,B119,B21,C49,C73,C86
Chr7:51797257 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A20,C54,C60
Chr7:51797257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C54,C60
Chr7:51797263 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A1,A13,A21,B117,B132,B21,B3,B41,B45,B52,B68,B75,B78,B85,C24,C26,C34,C51,C52,C75,D6
Chr7:51797265 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B72,C73
Chr7:51797269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,C54,C60
Chr7:51797284 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 34 A7,B100,B103,B114,B118,B121,B17,B2,B24,B26,B42,B46,B53,B56,B58,B73,B8,B84,B91,B92,B96,C1,C16,C3,C30,C33,C37,C4,C42,C53,C61,C64,C71,C84
Chr7:51797288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B45,C12
Chr7:51797291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C39
Chr7:51797292 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr7:51797299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,B140
Chr7:51797311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B60,C18,C62,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919796.1
CAAAAGAAATCCATAAAAAAAAGTTTGAATGACATATTAATGCTTCAATATAATTGTGCGATGCTACAAAATTAGGACTCTCGACTTTCCAATGGTGAAATATGAGGACTCAATTATCGCCGGCAGGCTAAGGATGGAGGGACGACCGCGGACAGATCTTCAGAACGCGGCAAGAGAGGGCGCAGTGCAAATATGAATGCTTGTGAATCGCCGATCTTGTTAAGCCCCCAATTTCAGGCAGCCATAGCCACCACCTCCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994730
ATGAATGCTTGTGAATCGCCGATCTTGTTAAGCCCCCAATTTCAGGCAGCCATAGCCACCACCTCCACACCCACATTGCCGGCAAATCAGGAAGTTCAGGTATTGCCGACTCTGACTGCACCGGCGACAAACCCAGCGACAGAAAGTGTGCCGCCTCATCCACCAGTTATTCAGACACCGGAAGCCACCAAAGTAGTGCTCAATCCAACGCCTATCTCTTTCATTACCCCACCAGAAGCTGAAAAGTCCACGAGGGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775779.1
MNACESPILLSPQFQAAIATTSTPTLPANQEVQVLPTLTAPATNPATESVPPHPPVIQTPEATKVVLNPTPISFITPPEAEKSTREHPMRKRKSLTLQALLQHIEELESSLLQARKVHGESSFILSQAKEQVTALLSSQKGGDYVAEDADGAGDKDKESLSQGEFVF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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