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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004062

染色体: Chr07 坐标: 51906892-51909571 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004062
名称SmilChr07G004062
描述LIM domain-containing protein WLIM2b-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向51906892 - 51909571 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994739
GeneID130994739
locus_tag-
NCBI NameLOC130994739
原始查询LOC130994739

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LIM domain-containing protein WLIM2b-like
产物LIM domain-containing protein WLIM2b-like
ArabidopsisAT3G55770 (WLIM2b)
GATA type zinc finger transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824743]
identity=64; qcov=0.785; evalue=2.17e-78; confidence=high
RiceOs04g0532500 (PLIM2B)
-
identity=60.8; qcov=0.812; evalue=1.61e-79; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051017 (actin filament bundle assembly)
KEGG-
PfamPF00412 (LIM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994739

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057775784.1
2 Cell projection 细胞突起 0.40000 XP_057775784.1
3 Pseudopodium Pseudopodium 0.40000 XP_057775784.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775784.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775784.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:51907936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr7:51909381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775784.1
223 aa
N
1
112
223
LIM
LIM
C
PF00412 LIM 10-66 aa PF00412 LIM 104-160 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775784.1 Pfam PF00412 LIM Domain 10 66 3.3e-22 79.2 LIM domain
XP_057775784.1 Pfam PF00412 LIM Domain 104 160 3.3e-22 79.2 LIM domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919801.1
AAGACCAAAAAGAGATTAATCCAGTTTTCAAAATTGATCAAGAATATGTTCTTTTCTGAATTTATTTATTTATCCAAGTTTTGATTTGATTTGATTTTTCTTCAACAAAAAAGAAAAAAAAATGGCGACTTTTGGGACGACGCAGAAATGCAAGTGTTGTGATAAAACTGTACATTTTGTAGAGATGATGTCTGTTGATGGAGTTCCATATCATAAGACATGCTTCAAATGCCATCAATGCAGTGGACGTCTCTCTATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994739
ATGGCGACTTTTGGGACGACGCAGAAATGCAAGTGTTGTGATAAAACTGTACATTTTGTAGAGATGATGTCTGTTGATGGAGTTCCATATCATAAGACATGCTTCAAATGCCATCAATGCAGTGGACGTCTCTCTATGAGTAGCTACTCAGCTGTGGATGGGAACCTATACTGCAAGCCTCACTTTGAACAGCTCTTTAAAGAAACTGGAAGCTACAATTTTAGCAAGTCTCCAGCAAAACAAGCAGAACCACAGAATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775784.1
MATFGTTQKCKCCDKTVHFVEMMSVDGVPYHKTCFKCHQCSGRLSMSSYSAVDGNLYCKPHFEQLFKETGSYNFSKSPAKQAEPQNKTPPSKMSSFFSGTQEKCATCKKTVYPLEKITVEGDFYHKNCFKCAHGGCLITPSSYAALDGVVYCKPHFAQLFKEKGSYSNISKKKNAGDTTPNDSEAEPDTDPESAPVPAPEAEPEGEPDAEPDQPSGSPQAVEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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