Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004096

染色体: Chr07 坐标: 52484160-52494721 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004096
名称SmilChr07G004096
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-17
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52484160 - 52494721 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994759
GeneID130994759
locus_tag-
NCBI NameLOC130994759
原始查询LOC130994759

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1B-17
产物putative late blight resistance protein homolog R1B-17
ArabidopsisAT5G43470 (RPP8)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367]
identity=26; qcov=0.915; evalue=1.64e-34; confidence=low
RiceOs08g0424700 (P0456B03.103)
-
identity=26.5; qcov=0.703; evalue=1.13e-38; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994759

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057775801.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775801.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775801.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775801.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52485263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C77,C87
Chr7:52485264 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A11,B126,B98,C33,C62
Chr7:52485264 AG A 1bp_deletion CDS_variant 5 A11,B126,B98,C33,C62
Chr7:52485269 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 32 A18,A21,A3,A8,B102,B105,B108,B136,B16,B20,B27,B32,B37,B40,B65,B66,B74,B90,B91,B92,C18,C34,C4,C50,C53,C65,C72,C76,C79,D11,D4,D6
Chr7:52485459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr7:52485467 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C79
Chr7:52485467 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C79
Chr7:52485507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,D8
Chr7:52485512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:52485550 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 A3
Chr7:52485550 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 A3
Chr7:52485562 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 28 A16,A20,B107,B110,B111,B130,B131,B2,B23,B27,B48,B49,B55,B6,B62,B63,B72,B73,B78,B83,C18,C41,C56,C63,C67,C76,C9,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775801.1
681 aa
N
1
340
681
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 164-332 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775801.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 164 332 5.7e-27 95.1 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919818.1
ATTTAATTTGGTAGTTGAAAAACATTAAAAGCAAAGTTGATTTTGAAGCAACTCTCATAATTTTCAACTGGTTGATTGCTCAATCTTCATAATTAGAATCTTCGGTTGCTTTGTTTCTCGCTACTATTCTTACACACAATTGCCATAAAAATCATCAATAGATCGATTTTACCATTGCATTATATACACATCTTTTCAAATCATTTACTAAATTCTTGAATGTGGTTTTGAATGTTTCTGAAATTGTATCACAACCAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994759
ATGGCGGCATATGGTGCGGCGATTTCTCTCAAGAATACGATTCAGCGTATTCTACAATCGTCTCGCATTTCTCTCATTTCCCACTCTCCACAAATCTTACAGCTTGTGTACGACCAGATGGATTACTTGCAGAGAGTTCTGCGGTTATTGGACAAGACCAGCTGCAGCAAGATCAGGGCGGAGGTGAATGCTTTGGATGAACTCATAAAAGAGGCAGTTTGGGAATTCGAAGATTTACTCGAATCCCATCTCTTACATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775801.1
MAAYGAAISLKNTIQRILQSSRISLISHSPQILQLVYDQMDYLQRVLRLLDKTSCSKIRAEVNALDELIKEAVWEFEDLLESHLLHQILPQLESERYNLSFSVDLQSLQHHVACFIEMVKMMEVEYFIEMENMPEEEGEPISSRIDSGGMIKSKMVMTIRLSDEFQKLIDYLLEGNNYYSIVGMAGVGKTTLAKHIFEDPSIRSHFEFRAWVKVGRKCEPNELLRCVLAQVDPNAYQMLAQGDDGEEEELVGLLKEKLLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器