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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004094

染色体: Chr07 坐标: 52474809-52478437 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004094
名称SmilChr07G004094
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 20-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52474809 - 52478437 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994762
GeneID130994762
locus_tag-
NCBI NameLOC130994762
原始查询LOC130994762

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 20-like
产物ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 20-like
ArabidopsisAT4G17895 (UBP20)
ubiquitin-specific protease 20 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827513]
identity=32; qcov=0.975; evalue=2.93e-26; confidence=low
RiceOs06g0654000
-
identity=30.5; qcov=0.789; evalue=5.19e-21; confidence=low
GOGO:0004197 (cysteine-type endopeptidase activity); GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination)
KEGG-
PfamPF00443 (UCH); PF13423 (UCH_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994762

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775805.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057775805.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057775805.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057775805.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775805.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52474962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr7:52474969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B113,B82,B95
Chr7:52474971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:52475077 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr7:52475077 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:52475493 T TAG 2bp_insertion frameshift_variant 69 A1,A10,A18,A24,B1,B103,B11,B114,B115,B117,B119,B122,B126,B128,B130,B132,B140,B15,B17,B19,B24,B28,B3,B32,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B50,B52,B54,B57,B63,B65,B67,B73,B74,B75,B77,B78,B81,B85,B87,B89,B9,C15,C22,C25,C26,C28,C30,C31,C32,C40,C49,C51,C52,C55,C6,C64,C66,C68,C75,C79,C8,D3,D7
Chr7:52475495 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 71 A1,A10,A18,A24,A4,B1,B103,B11,B114,B115,B117,B119,B122,B126,B128,B130,B132,B139,B140,B15,B17,B19,B24,B28,B3,B32,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B50,B52,B54,B57,B63,B65,B67,B73,B74,B75,B77,B78,B81,B85,B87,B89,B9,C15,C22,C25,C26,C28,C30,C31,C32,C40,C49,C51,C52,C55,C6,C64,C66,C68,C75,C79,C8,D3,D7
Chr7:52475582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr7:52475600 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 72 A1,A10,A18,A24,A4,B1,B103,B11,B114,B115,B117,B119,B122,B126,B128,B139,B14,B140,B15,B19,B24,B29,B3,B32,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B52,B54,B57,B63,B67,B73,B74,B75,B77,B78,B85,B86,B87,B89,B9,C15,C19,C22,C25,C26,C28,C29,C30,C31,C32,C40,C45,C49,C52,C55,C6,C61,C64,C66,C68,C7,C75,C79,C8,D2,D3,D7
Chr7:52475602 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 72 A1,A10,A18,A24,A4,B1,B103,B11,B114,B115,B117,B119,B122,B126,B128,B139,B14,B140,B15,B19,B24,B29,B3,B32,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B52,B54,B57,B63,B67,B73,B74,B75,B77,B78,B85,B86,B87,B89,B9,C15,C19,C22,C25,C26,C28,C29,C30,C31,C32,C40,C45,C49,C52,C55,C6,C61,C64,C66,C68,C7,C75,C79,C8,D2,D3,D7
Chr7:52475699 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 71 A1,A10,A15,A23,A24,A4,B1,B103,B114,B115,B119,B122,B126,B128,B130,B132,B139,B14,B140,B15,B19,B24,B28,B29,B3,B36,B41,B44,B52,B54,B57,B63,B65,B67,B73,B74,B75,B78,B81,B85,B86,B87,B89,B9,C15,C19,C22,C25,C26,C28,C29,C30,C31,C32,C40,C45,C49,C51,C52,C6,C61,C64,C66,C68,C7,C75,C79,C8,D2,D3,D7
Chr7:52475732 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 12 A16,B110,B111,B122,B134,B20,B26,C12,C34,C54,C62,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775805.1
247 aa
N
1
124
247
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 8-163 aa PF00443 UCH 8-184 aa
XP_057775806.1
247 aa
N
1
124
247
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 8-163 aa PF00443 UCH 8-184 aa
XP_057775807.1
247 aa
N
1
124
247
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 8-163 aa PF00443 UCH 8-184 aa
XP_057775808.1
237 aa
N
1
118
237
UCH_1
UCH
C
PF13423 UCH_1 18-153 aa PF00443 UCH 57-174 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775805.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 8 163 3.6e-14 53.8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775805.1 Pfam PF00443 UCH Family 8 184 8.2e-30 105.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775806.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 8 163 3.6e-14 53.8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775806.1 Pfam PF00443 UCH Family 8 184 8.2e-30 105.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775807.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 8 163 3.6e-14 53.8 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775807.1 Pfam PF00443 UCH Family 8 184 8.2e-30 105.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775808.1 Pfam PF13423 UCH_1 Domain 18 153 1.4e-09 38.7 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
XP_057775808.1 Pfam PF00443 UCH Family 57 174 4.3e-27 96.0 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919823.1
TAAAAAGTGATTGTGCATCCACTGCCCGTTCTCTCCTTTGTCATGGTCCCGATCACCCTTATCCAATCCCAATACATGCCATGGGTTTTAAGTTGCTCAGGGTGCTAGCTGCTTTTGGAGTTCGATTTTACGATATCCCAATTGAAATTTTGAAACTTGTTTGTCTGCATTACCTTTCCCTTAAATGCAACAGGGAACTCCCTCCTTCCATATCCAACCTTTTTCACCTTCAATTCTTGATTATCAATCCACATATATAC...
XM_057919825.1
TAAAAAGTGATTGTGCATCCACTGCCCGTTCTCTCCTTTGTCATGGTCCCGATCACCCTTATCCAATCCCAATACATGCCATGGGTTTTAAGTTGCTCAGGGTGCTAGCTGCTTTTGGAGTTCGATTTTACGATATCCCAATTGAAATTTTGAAACTTGTTTGTCTGCATTACCTTTCCCTTAAATGCAACAGGGAACTCCCTCCTTCCATATCCAACCTTTTTCACCTTCAATTCTTGATTATCAATCCACATATATAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994762
ATGGGGTGTCATGGCCATGGGGATACACTCATCAGAGAAGTGTTTGGTGGCAGTATTTTAAACAAGGAACATTCAGAGAACATGTTAGACCTGCAATTACCTATTACGAACGGTGCTGTCTGTTTCTGCGATTTTTTGAAAGATTACACAGAAGCGGAAATACTTGACTATCGCTGTGAAAAGTGCGGGACGAATGGTAAAAAAACCACGCACAGCATTCAGCTGGATCAGCTGCCCCGTATTTTGACCTTTCATCTTAA...
LOC130994762
ATGGGGTGTCATGGCCATGGGGATACACTCATCAGAGAAGTGTTTGGTGGCAGTATTTTAAACAAGTACAAATGTCGTGGATGTGGTAATTTTAAGGAACATTCAGAGAACATGTTAGACCTGCAATTACCTATTACGAACGGTGCTGTCTGTTTCTGCGATTTTTTGAAAGATTACACAGAAGCGGAAATACTTGACTATCGCTGTGAAAAGTGCGGGACGAATGGTAAAAAAACCACGCACAGCATTCAGCTGGATCA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775805.1
MGCHGHGDTLIREVFGGSILNKYKCRGCGNFKEHSENMLDLQLPITNGAVCFCDFLKDYTEAEILDYRCEKCGTNGKKTTHSIQLDQLPRILTFHLKRVHGQQKITGKLTLPLELNLAEFTVTQNVKCVYNLYAFVVHKGTVESGHYYSYIRVSATDWYKFNDERIKRVDVDRVRVQEPYIIFYAKEGTPWFSEATQGHKASTSSQPAGETSKRMNSSSTSSSTSSQPPGPALRAGGHGRRPRAPKN
XP_057775806.1
MGCHGHGDTLIREVFGGSILNKYKCRGCGNFKEHSENMLDLQLPITNGAVCFCDFLKDYTEAEILDYRCEKCGTNGKKTTHSIQLDQLPRILTFHLKRVHGQQKITGKLTLPLELNLAEFTVTQNVKCVYNLYAFVVHKGTVESGHYYSYIRVSATDWYKFNDERIKRVDVDRVRVQEPYIIFYAKEGTPWFSEATQGHKASTSSQPAGETSKRMNSSSTSSSTSSQPPGPALRAGGHGRRPRAPKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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