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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004088

染色体: Chr07 坐标: 52411699-52415602 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004088
名称SmilChr07G004088
描述uncharacterized SmilChr07G004088
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52411699 - 52415602 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994763
GeneID130994763
locus_tag-
NCBI NameLOC130994763
原始查询LOC130994763

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994763

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775809.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775809.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775809.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775809.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775809.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52414194 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 6 B122,B55,B60,B74,B94,C23
Chr7:52414200 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 8 A13,B124,B17,B64,B76,B80,C10,C74
Chr7:52414222 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 5 A6,B114,B125,B68,C39
Chr7:52414222 ACG A 2bp_deletion CDS_variant 5 A6,B114,B125,B68,C39
Chr7:52414232 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A8,B83,C28,C35
Chr7:52414232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B83,C28,C35
Chr7:52414238 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B12,B22,B30,B55,C17,C47,C72,C84
Chr7:52414246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B74,B96,C23
Chr7:52414254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr7:52414256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B74,B96,C23
Chr7:52414276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B24,B53,C12,D5
Chr7:52414299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919826.1
TATATATATATATATAAGTGAGTATTATTAGAAGTAAATATGCACTCATATAGTTATATTGGGAATTGAACTTAATATTTGATCATCCATCTTAAAACATAAATTTTGGTCATTTTATAATTTCGGACAATATTGTCCTTGATTTAGGCTAATTCGATCAGGCTGGGCGCGCATGTCCGGTGGTACTTTTGGCACTAATATTATAATTTGTGTCAAAAGTATCAAATTACTTGTATTTTTTTCATTTATGTTGGTACTTT...
XM_057919827.1
TATATATATATATATAAGTGAGTATTATTAGAAGTAAATATGCACTCATATAGTTATATTGGGAATTGAACTTAATATTTGATCATCCATCTTAAAACATAAATTTTGGTCATTTTATAATTTCGGACAATATTGTCCTTGATTTAGGCTAATTCGATCAGGCTGGGCGCGCATGTCCGGTGGTACTTTTGGCACTAATATTATAATTTGTGTCAAAAGTATCAAATTACTTGTATTTTTTTCATTTATGTTGGTACTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994763
ATGGATCCACACAATCCCAATTGGTACGACGTAAATTGGGTTCCCGACCTCTCAGGCGGAGACGATTATCATCCCGATTTGACGGGTATCAACTTGGAGGAGATGCCAGCCGCCCATTCCACGTCGAAGCCCAAGAAAGGAGGGCAAATGAAGGCTATGGCCTTGAAAGAGAAGGCGCCGGTTCCTATGCTGCAGGAAGAAAGAGCCACTCGGCACACCTACACCCTGGAGGAGCGGACCTTATTGTCTGTGTTTGGGCA...
LOC130994763
ATGGATCCACACAATCCCAATTGGTACGACGTAAATTGGGTTCCCGACCTCTCAGGCGGAGACGATTATCATCCCGATTTGACGGGTATCAACTTGGAGGAGATGCCAGCCGCCCATTCCACGTCGAAGCCCAAGAAAGGAGGGCAAATGAAGGCTATGGCCTTGAAAGAGAAGGCGCCGGTTCCTATGCTGCAGGAAGAAAGAGCCACTCGGCACACCTACACCCTGGAGGAGCGGACCTTATTGTCTGTGTTTGGGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775809.1
MDPHNPNWYDVNWVPDLSGGDDYHPDLTGINLEEMPAAHSTSKPKKGGQMKAMALKEKAPVPMLQEERATRHTYTLEERTLLSVFGQRRPTMPSGVSIKRKRPIGVVFYSRRRCRWRGDAATSDVDAADVTLGMQVTRCRFRTAADAGGAATRRSSRREEEVRIAWGRRGR
XP_057775810.1
MDPHNPNWYDVNWVPDLSGGDDYHPDLTGINLEEMPAAHSTSKPKKGGQMKAMALKEKAPVPMLQEERATRHTYTLEERTLLSVFGQRRPTMPSGVSIKRKRPIGVVFYSRWRGDAATSDVDAADVTLGMQVTRCRFRTAADAGGAATRRSSRREEEVRIAWGRRGR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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