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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004108

染色体: Chr07 坐标: 52719624-52722906 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004108
名称SmilChr07G004108
描述uncharacterized SmilChr07G004108
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52719624 - 52722906 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994773
GeneID130994773
locus_tag-
NCBI NameLOC130994773
原始查询LOC130994773

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Phosphatidylinositol N-acetyglucosaminlytransferase subunit P-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819198]; symbol=TRM13; hit=AT2G45900; species=arabidopsis; confidence=low
产物Phosphatidylinositol N-acetyglucosaminlytransferase subunit P-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819198]; symbol=TRM13; hit=AT2G45900; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G45900 (TRM13)
Phosphatidylinositol N-acetyglucosaminlytransferase subunit P-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819198]
identity=31.3; qcov=0.321; evalue=3.31e-19; confidence=low
RiceOs10g0550000 (OSJNBa0082M15.1)
-
identity=26.6; qcov=0.401; evalue=2.55e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF14309 (DUF4378)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994773

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057775818.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775818.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775818.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775818.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52720178 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B109,B53,B97,C40,C45
Chr7:52720178 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 B109,B53,B97,C40,C45
Chr7:52720950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:52720996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr7:52720999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C11,C69,D6
Chr7:52721108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:52721513 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B140,B68,C53
Chr7:52721514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:52722607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B128,C4
Chr7:52722632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:52722674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B122,C53
Chr7:52722735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775818.1
667 aa
N
1
334
667
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 517-656 aa
XP_057775819.1
666 aa
N
1
333
666
DUF4378
C
PF14309 DUF4378 516-655 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775818.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 517 656 1.9e-17 64.8 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057775819.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 516 655 1.9e-17 64.9 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919835.1
GAAATGTGAAGGAAGACAAAAAGCAAGACAACTACAACTACCTTAATTTTGAAGGATTTATAGTGGTTGAACCAAAATCAAACACTTAGCCAAATATTTGTTTGCTCATGGTGGCCACTCTCACAAATGTCACACCCTTCACAAATAAATGCCTGCTTCTAGTAATACCAAATCTCTGCATACAAACAAACTTTCCAATCTCACAAACCCAACTGCAGCTACCCCATCCAAACCACCCCCCAAACCAATATATTATTCTT...
XM_057919836.1
ATGTGAAGGAAGACAAAAAGCAAGACAACTACAACTACCTTAATTTTGAAGGATTTATAGTGGTTGAACCAAAATCAAACACTTAGCCAAATATTTGTTTGCTCATGGTGGCCACTCTCACAAATGTCACACCCTTCACAAATAAATGCCTGCTTCTAGTAATACCAAATCTCTGCATACAAACAAACTTTCCAATCTCACAAACCCAACTGCAGCTACCCCATCCAAACCACCCCCCAAACCAATATATTATTCTTGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994773
ATGAAGTGTGAAGAAGTGAGTGAATTCAAGTGTATGCATCCATTGTATTATATTCTTGACTCCCAAAATGGCTGGGCCTCTTCTCATGAGATGATTGCAATGATAGAAGATCATCGCACCAGCTTTGATGAAGAATGTCGAAAAATTCAATATGAAGCAGAGTTTGCAACAAGTAGTAGAGCTAATGCTAGTGATAGAAGCTTGAAGGGTCTAACTCGAGAAGATGCACACATTCTGCAGCAGAGAAACAAAGACAGGAC...
LOC130994773
ATGAAGTGTGAAGAAGTGAGTGAATTCAAGTGTATGCATCCATTGTATTATATTCTTGACTCCCAAAATGGCTGGGCCTCTTCTCATGAGATGATTGCAATGATAGATCATCGCACCAGCTTTGATGAAGAATGTCGAAAAATTCAATATGAAGCAGAGTTTGCAACAAGTAGTAGAGCTAATGCTAGTGATAGAAGCTTGAAGGGTCTAACTCGAGAAGATGCACACATTCTGCAGCAGAGAAACAAAGACAGGACCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775818.1
MKCEEVSEFKCMHPLYYILDSQNGWASSHEMIAMIEDHRTSFDEECRKIQYEAEFATSSRANASDRSLKGLTREDAHILQQRNKDRTDPQLVVHPMAATKASPRACMCQSNDTTSSTHRRPPPPSETPSNKAAVGSRFESKPFSDALQVLSSDKDFLFLSEPQNCIKNLESDKQTCPKSNTALTLKAELQKRQDSGRFACHCSSGQPGGGSRVKTLREIKRKLKHTFGSSRRKDADQLPRFRFHGCIYSGVETREPLSST...
XP_057775819.1
MKCEEVSEFKCMHPLYYILDSQNGWASSHEMIAMIDHRTSFDEECRKIQYEAEFATSSRANASDRSLKGLTREDAHILQQRNKDRTDPQLVVHPMAATKASPRACMCQSNDTTSSTHRRPPPPSETPSNKAAVGSRFESKPFSDALQVLSSDKDFLFLSEPQNCIKNLESDKQTCPKSNTALTLKAELQKRQDSGRFACHCSSGQPGGGSRVKTLREIKRKLKHTFGSSRRKDADQLPRFRFHGCIYSGVETREPLSSTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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