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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004110

染色体: Chr07 坐标: 52752497-52756527 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004110
名称SmilChr07G004110
描述transcription factor EGL1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向52752497 - 52756527 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994775
GeneID130994775
locus_tag-
NCBI NameLOC130994775
原始查询LOC130994775

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor EGL1-like
产物transcription factor EGL1-like
ArabidopsisAT5G41315 (GL3)
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834133]
identity=43.8; qcov=1.06; evalue=2.6e-165; confidence=medium
RiceOs04g0557800 (Pl)
-
identity=51.4; qcov=0.333; evalue=4.1e-67; confidence=low
GOGO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG-
PfamPF00010 (HLH); PF14215 (bHLH-MYC_N); PF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994775

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775821.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775821.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775821.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775821.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057775821.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:52753230 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:52753266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C12,C17,C47,C79,C84
Chr7:52753383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C74
Chr7:52753854 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr7:52753854 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr7:52753884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr7:52753992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B41,B48
Chr7:52754155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B128,B35,C4,D11
Chr7:52754260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:52754281 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B102,B61,C52
Chr7:52754305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B118,C43,C56
Chr7:52754347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775821.1
637 aa
N
1
318
637
bHLH-MYC_N
HLH
bHLH-TF_ACT-like_plant
C
PF14215 bHLH-MYC_N 13-196 aa PF00010 HLH 439-485 aa PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 559-635 aa
XP_057775822.1
637 aa
N
1
318
637
bHLH-MYC_N
HLH
bHLH-TF_ACT-like_plant
C
PF14215 bHLH-MYC_N 13-196 aa PF00010 HLH 439-485 aa PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 559-635 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775821.1 Pfam PF14215 bHLH-MYC_N Family 13 196 6.8e-51 173.8 bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
XP_057775821.1 Pfam PF00010 HLH Domain 439 485 1.9e-12 47.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057775821.1 Pfam PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant Domain 559 635 1.1e-22 80.6 Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain
XP_057775822.1 Pfam PF14215 bHLH-MYC_N Family 13 196 6.8e-51 173.8 bHLH-MYC and R2R3-MYB transcription factors N-terminal
XP_057775822.1 Pfam PF00010 HLH Domain 439 485 1.9e-12 47.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057775822.1 Pfam PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant Domain 559 635 1.1e-22 80.6 Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919838.1
TATGAATTGTAGTACTATACTTTTCTACCCCCACATGGCTATCCCACCAATCCAGATTTGAACCCATGCCCTATTGTTGACGTGTTCAATAAATTAGTACTTTAAAAATGAAGGTTGAAGAAATGAGCTAACTAATGAAGGTTTATTGATTTCACCAAAATATGCTTCGGGCTGTACTAAGTTGAACACTCCATCAAAGGAAGTAATTTTATGTAAGAATCTTGAGGTGCCATTTCCAGCAAGCTTATATCGAACCAATC...
XM_057919839.1
CTTTTCTACCCCCACATGGCTATCCCACCAATCCAGATTTGAACCCATGCCCTATTGTTGACGTGTTCAATAAATTAGTACTTTAAAAATGAAGGTTGAAGAAATGAGCTAACTAATGAAGGTTTATTGATTTCACCAAAATATGCTTCGGGCTGTACTAAGTTGAACACTCCATCAAAGGAAGTAATTTTATGTAAGAATCTTGAGGTGCCATTTCCAGCAAGCTTATATCGAACCAATCCCAGGATTCAGAGCTCTAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994775
ATGGCTACTGCAAATCAAAAGGGTGTTCCAGATAATCTCAGAAAGCAGCTTGCTCTTGCAGTTAGAAGCACCCAATGGAGCTATGCAATTTTTTGGTCTTTTTCTGCTAAACAATCTGGGGCGTTGGGGTGGAGTGATGGGTACTACAACGGAGATATTAAGACAAGGAAAACGGTTCAAACCGTAGAGCTGAACTCAGATCCGCTGGGATTGCAGAGGAGTGATCAGCTAAGGGAGTTGTTTGAGTCTCTTTCATTAGG...
LOC130994775
ATGGCTACTGCAAATCAAAAGGGTGTTCCAGATAATCTCAGAAAGCAGCTTGCTCTTGCAGTTAGAAGCACCCAATGGAGCTATGCAATTTTTTGGTCTTTTTCTGCTAAACAATCTGGGGCGTTGGGGTGGAGTGATGGGTACTACAACGGAGATATTAAGACAAGGAAAACGGTTCAAACCGTAGAGCTGAACTCAGATCCGCTGGGATTGCAGAGGAGTGATCAGCTAAGGGAGTTGTTTGAGTCTCTTTCATTAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057775821.1
MATANQKGVPDNLRKQLALAVRSTQWSYAIFWSFSAKQSGALGWSDGYYNGDIKTRKTVQTVELNSDPLGLQRSDQLRELFESLSLGETTPQPKRPTAALSPEDLTDTEWYFLVCMSFVFNVGQGLPGRSYAENETIWLRNAHLADTKLFSRSLLAKSASLQTVVCFPHWGGVVELGTTELVPEDRSLIEHIKTSFLESSSDAVINPSHELVYQVLNHSDIPENNLDEVEVYSPDTSSDEFADNVLIEGSSLADGADGEA...
XP_057775822.1
MATANQKGVPDNLRKQLALAVRSTQWSYAIFWSFSAKQSGALGWSDGYYNGDIKTRKTVQTVELNSDPLGLQRSDQLRELFESLSLGETTPQPKRPTAALSPEDLTDTEWYFLVCMSFVFNVGQGLPGRSYAENETIWLRNAHLADTKLFSRSLLAKSASLQTVVCFPHWGGVVELGTTELVPEDRSLIEHIKTSFLESSSDAVINPSHELVYQVLNHSDIPENNLDEVEVYSPDTSSDEFADNVLIEGSSLADGADGEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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