当前解析结果
SmilChr01G003645| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003645 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003645 |
| 描述 | NAC domain-containing protein 17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 54934911 - 54937957 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994778 |
|---|---|
| GeneID | 130994778 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994778 |
| 原始查询 | LOC130994778 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NAC domain-containing protein 17-like |
| 产物 | NAC domain-containing protein 17-like |
| Arabidopsis | AT1G34190 (NAC017)NAC domain containing protein 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840318] identity=43; qcov=1.02; evalue=4.22e-129; confidence=medium |
| Rice | Os05g0426200 (ONAC036)- identity=56.7; qcov=0.308; evalue=6.5e-69; confidence=low |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02365 (NAM) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994778 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057775829.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775829.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775829.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057775829.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057775829.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:54935879 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B129 |
Chr1:54935929 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B79 |
Chr1:54935929 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B79 |
Chr1:54935957 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:54935996 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr1:54936012 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr1:54936034 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr1:54936229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B5,C40,C72 |
Chr1:54936278 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B83,C59 |
Chr1:54936650 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B30 |
Chr1:54936650 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B30 |
Chr1:54936729 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A9,B66,B75,C61,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775829.1PF02365
NAM 15-140 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775829.1 |
Pfam | PF02365 |
NAM | Family | 15 | 140 | 2.1e-46 | 158.1 | No apical meristem (NAM) protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。