Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003649

染色体: Chr01 坐标: 54957857-54959709 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003649
名称SmilChr01G003649
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54957857 - 54959709 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994803
GeneID130994803
locus_tag-
NCBI NameLOC130994803
原始查询LOC130994803

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g34160-like
ArabidopsisAT1G34160 (AT1G34160)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840315]
identity=56.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0270200 (OGR1)
-
identity=52.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994803

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057775853.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775853.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775853.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775853.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775853.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54958109 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54958340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A1,B33
Chr1:54958570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr1:54958579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B73,C39,C53
Chr1:54958664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B13,B131,C73
Chr1:54958665 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B47
Chr1:54958665 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B47
Chr1:54958696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C19
Chr1:54958889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:54959162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C35
Chr1:54959206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B18,C60,C81
Chr1:54959234 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775853.1
574 aa
N
1
287
574
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 69-94 aa PF13812 PPR_3 130-167 aa PF01535 PPR 140-167 aa PF13041 PPR_2 166-206 aa PF01535 PPR 169-197 aa PF01535 PPR 239-265 aa PF13041 PPR_2 268-314 aa PF01535 PPR 270-297 aa PF01535 PPR 305-335 aa PF01535 PPR 342-365 aa PF20431 E_motif 384-446 aa PF14432 DYW_deaminase 482-574 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 69 94 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 130 167 9.7e-19 67.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 140 167 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 166 206 4.7e-47 158.6 PPR repeat family
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 169 197 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 239 265 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 268 314 4.7e-47 158.6 PPR repeat family
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 270 297 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 305 335 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 342 365 4.5e-44 146.4 PPR repeat
XP_057775853.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 384 446 1.6e-18 67.4 E motif
XP_057775853.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 482 574 1.4e-40 137.7 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919870.1
TCTGCAGAGGTGGTTACCAAAAGTATTGTCTGGCAAAATTTAAATGGGCATTAATGGCCTACGTCGAATCGATCTTGCAGAAATGCACCTCCTTCCCCCAAATCCGGCAGCTCCACGCCCACCTCCTCGTCACCGGCCTCTTCCGCCTCCACTACTCCCGCTCCAAGTTCATCGACTTCTGCGCCACCTCCTCCGCCGCCACCCTGCCCTACAGCGCCGCCATCTTCCGCTCCGTCCCCACCCCCCTGACCAACGACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994803
ATGGCCTACGTCGAATCGATCTTGCAGAAATGCACCTCCTTCCCCCAAATCCGGCAGCTCCACGCCCACCTCCTCGTCACCGGCCTCTTCCGCCTCCACTACTCCCGCTCCAAGTTCATCGACTTCTGCGCCACCTCCTCCGCCGCCACCCTGCCCTACAGCGCCGCCATCTTCCGCTCCGTCCCCACCCCCCTGACCAACGACTGGAACGCCCTCATCCGCGGCCACGCGCAGAGCCACCACCCCATCAACGCAATCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775853.1
MAYVESILQKCTSFPQIRQLHAHLLVTGLFRLHYSRSKFIDFCATSSAATLPYSAAIFRSVPTPLTNDWNALIRGHAQSHHPINAITCYLLMSRAPCKSDALTCSFFLKACARALAPIESFQMHAHVLKLGFDADVLLQTTLLDAYAKFGDLDSACKVFDKMSKRDIACWNALISGLAQGNQPHEALKLFDKMTQSNMMPNEVTVLGALAACAQLGAIGEGERVCDYIKINRFDENVIVCNAVIDMYAKCGMVEKAYSVF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器