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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003650

染色体: Chr01 坐标: 54963333-54970778 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003650
名称SmilChr01G003650
描述uncharacterized SmilChr01G003650
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向54963333 - 54970778 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994809
GeneID130994809
locus_tag-
NCBI NameLOC130994809
原始查询LOC130994809

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314]; symbol=AT1G34150; hit=AT1G34150; species=arabidopsis; confidence=high
产物Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314]; symbol=AT1G34150; hit=AT1G34150; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G34150 (AT1G34150)
Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840314]
identity=54.2; qcov=0.962; evalue=1.37e-164; confidence=high
RiceOs03g0381100
-
identity=60.5; qcov=0.796; evalue=2.64e-152; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity); GO:0031119 (tRNA pseudouridine synthesis); GO:1990481 (mRNA pseudouridine synthesis)
KEGG-
PfamPF01416 (PseudoU_synth_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994809

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775865.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057775865.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775865.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775865.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:54964193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C31,C32
Chr1:54964200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B73,B79,C39,C53,D1
Chr1:54966742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:54967306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:54967334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B66
Chr1:54967770 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A21,B104,B28,C42
Chr1:54967770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B104,B28,C42
Chr1:54968504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B66
Chr1:54969724 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:54970245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775865.1
449 aa
N
1
224
449
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 252-361 aa
XP_057775873.1
447 aa
N
1
224
447
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 250-359 aa
XP_057775881.1
447 aa
N
1
224
447
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 250-359 aa
XP_057775890.1
445 aa
N
1
222
445
PseudoU_synth_1
C
PF01416 PseudoU_synth_1 248-357 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775865.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 252 361 6.8e-32 110.9 tRNA pseudouridine synthase
XP_057775873.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 250 359 6.7e-32 110.9 tRNA pseudouridine synthase
XP_057775881.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 250 359 1e-32 113.5 tRNA pseudouridine synthase
XP_057775890.1 Pfam PF01416 PseudoU_synth_1 Domain 248 357 1e-32 113.5 tRNA pseudouridine synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919898.1
GAAGTTTATTTTGTTTAATCTTAAATGAAATTACAGCGACCCCATTTCAAACATTTGGTCTGCAACTCTGTCCACGCCAACGCAAATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTT...
XM_057919882.1
TGTTTAATCTTAAATGAAATTACAGCGACCCCATTTCAAACATTTGGTCTGCAACTCTGTCCACGCCAACGCAAATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTTCAATTGGGGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994809
ATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTTCAATTGGGGAAATGGAGATGCTGAAATTGGATGAAATCGGTTTGCTAAACAGATCAAAAGATAAAGAACCAGCTGCAGGCGGCAA...
LOC130994809
ATGGAAGGAAACCCCAACATCGAACTCGTCAACTCGCTGCAAGCTCAAATGGAATCTCTCCGAGAAAGGATAAACCAACTAGAGACCGAGAATGCTAAGCTCTCTCGTCAGCTCTCCGTTTGCGTCTGCCAGAAGATTGCAGTGAGTGATAAAACTCCTGTAGACTGCAGTAGTTCAATTGGGGAAATGGAGATGCTGAAATTGGATGAAATCGGTTTGCTAAACAGATCAAAAGATAAAGAACCAGCTGCAGGCGGCAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775865.1
MEGNPNIELVNSLQAQMESLRERINQLETENAKLSRQLSVCVCQKIAVSDKTPVDCSSSIGEMEMLKLDEIGLLNRSKDKEPAAGGNAMALHHLPKRYVALKVMYFGQRFYGFASEAQMDPTIESEIFKALHKTRLVSGDRKELQYSRCGRTDKGVSSVGQVSVISLFLRSNLKKTPASNGYSVESFAEESCDGEIDYVKILNRALPNDIRIIGWSPARTDFSARFSCLSREYKYFFWRENLNIMAMESSGKRFIGEHDF...
XP_057775873.1
MEGNPNIELVNSLQAQMESLRERINQLETENAKLSRQLSVCVCQKIAVSDKTPVDCSSSIGEMEMLKLDEIGLLNRSKDKEPGGNAMALHHLPKRYVALKVMYFGQRFYGFASEAQMDPTIESEIFKALHKTRLVSGDRKELQYSRCGRTDKGVSSVGQVSVISLFLRSNLKKTPASNGYSVESFAEESCDGEIDYVKILNRALPNDIRIIGWSPARTDFSARFSCLSREYKYFFWRENLNIMAMESSGKRFIGEHDFRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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