Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004350`

染色体: Chr07 坐标: 56026380-56032567 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004350`
名称	SmilChr07G004350
描述	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	56026380 - 56032567 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994816`
GeneID	`130994816`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994816`
原始查询	`LOC130994816`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
产物	serine/threonine-protein kinase EDR1-like
Arabidopsis	`AT5G11850` (AT5G11850) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831058] identity=49.3; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0220700` - identity=46.4; qcov=0.839; evalue=2.62e-179; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14381 (EDR1_CTR1_ARMC3_pept)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994816

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775869.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057775869.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775869.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775869.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775869.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:56027103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:56027104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C47
`Chr7:56027154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B3
`Chr7:56028179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr7:56028204`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,B80,B88,C46
`Chr7:56029315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:56029467`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B16
`Chr7:56029467`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B16
`Chr7:56029628`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B31,B4,B54,C35
`Chr7:56029672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,D10
`Chr7:56030621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,D8
`Chr7:56030867`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775869.1

821 aa

410

821

EDR1_CTR1_ARMC3_pept

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 113-317 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 551-803 aa PF00069 Pkinase 552-800 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775869.1`	Pfam	`PF14381`	EDR1_CTR1_ARMC3_pept	Domain	113	317	5.3e-71	239.3	EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
`XP_057775869.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	551	803	9.6e-66	222.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057775869.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	552	800	9.7e-54	183.2	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919886.1
TGAAGACTCGCACAGTGCGTAGTTTAATACTCATCTCTCCTTATTCTCCACCCACCGCTGCGCATTTTGAGTTCTAACCCCCCCAAAAATCACCCTCTCCAATCGCAAACCCTAACCATAAATTCGATCAATCGGATCGAAATCGTCGAATCGACACCGTAATTTATCTTGATTCTAGTGTATATTCCCGTAAATTATCAGATTTCTTGTCCCCGATCGATGAGAGGCGACGAAAATGTCCAAGGTGAAACACTTTTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994816
ATGTCCAAGGTGAAACACTTTTTGCGGAAGCTTCACATCGGCGATCACCACCAACACGGGCGGCCGCCTGCGCTGGTTCCCCCATCTCAAACGGCGCCGTCGCAGCAATTGACTTCCACATCGCCGTTGTCCGATGCGCCGCCGACGGCGTCGTCGTCGTCTTCGGGCGGCCATTCGAGCAATAGCAATTTCAGTTTCTTCGAGGAGGAGTTTCAGATGCAATTGGCGCTGGCCATAAGCGTTTCTGATCCGGGTCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775869.1
MSKVKHFLRKLHIGDHHQHGRPPALVPPSQTAPSQQLTSTSPLSDAPPTASSSSSGGHSSNSNFSFFEEEFQMQLALAISVSDPGQNCVDPETAQINVAKQISLGCAPSQNLSEFMSLRFWSCNVVNYDEKVIDGFYDVCGIDSTLAVPKKMPSLMELKAISPLEDMGCEVVLVNRADDVELRKLEERVYYMSVESHALDKTLSTSFLIQKIADLIVERMGGPVSDVEEMFRRWRARNHELRVYLNSVILPLGSLDVGHS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器