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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000956

染色体: Chr01 坐标: 20214644-20223801 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000956
名称SmilChr01G000956
描述uncharacterized SmilChr01G000956
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向20214644 - 20223801 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994822
GeneID130994822
locus_tag-
NCBI NameLOC130994822
原始查询LOC130994822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719301]; symbol=AT3G22125; hit=AT3G22125; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719301]; symbol=AT3G22125; hit=AT3G22125; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G22125 (AT3G22125)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719301]
identity=43.7; qcov=0.426; evalue=3.19e-82; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057775922.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775922.1
3 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057775922.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057775922.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775922.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:20215248 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 6 A1,A22,B111,B6,C6,C61
Chr1:20215418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B61,B89,C83
Chr1:20215443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B19,B57,C15,D7
Chr1:20215488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C67
Chr1:20215533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B93,C58
Chr1:20215546 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 38 A1,A25,B101,B106,B108,B117,B126,B17,B30,B33,B38,B4,B42,B55,B56,B59,B62,B63,B64,B76,B86,B89,B9,B91,B93,C10,C19,C20,C25,C29,C36,C38,C42,C47,C52,C81,C87,D8
Chr1:20215590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:20215598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:20215602 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr1:20215602 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B38
Chr1:20215604 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B38
Chr1:20215604 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919939.1
ATGAATCCAACAAATGGCCCTAAAGACAAAGATGCCATCGCTGATGGTGATACCGTCGGGGGTGATAGTGTTGGCGGTGATGAAGCCGTCGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGAAGCTGTTGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGAAGTTGAAGGTGGTGATGCCATCGGGGGTGGTGATGACGTCGGAGGGGCTAATGTCGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGATGCCGTTGGTGGTGACGATGTCGGTGGTGAAGTTGAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994822
ATGAATCCAACAAATGGCCCTAAAGACAAAGATGCCATCGCTGATGGTGATACCGTCGGGGGTGATAGTGTTGGCGGTGATGAAGCCGTCGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGAAGCTGTTGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGAAGTTGAAGGTGGTGATGCCATCGGGGGTGGTGATGACGTCGGAGGGGCTAATGTCGGTGGTGAAGCCGTCGGTGGTGATGCCGTTGGTGGTGACGATGTCGGTGGTGAAGTTGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775922.1
MNPTNGPKDKDAIADGDTVGGDSVGGDEAVGGEAVGGEAVGGEAVGGEVEGGDAIGGGDDVGGANVGGEAVGGDAVGGDDVGGEVEGGDAVGGDDVGGDVDGGEAVGGANDGGDAVGGEAVGGEAVGGDAIGGGDDVGGANVGGEAVGGDAVGGDDVGGEVEGGDAVGGDDVGGDVDGGEAVGGANVGGDAVGGEAVGGEAVGGDAVGGDDVGGDVDGGEAVGGEAVGGDAVGGANVGGDAVGGEAVGGDAVGGEDVGGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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