Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004210`

染色体: Chr07 坐标: 54301159-54307683 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004210`
名称	SmilChr07G004210
描述	nuclear pore complex protein NUP85
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	54301159 - 54307683 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994826`
GeneID	`130994826`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994826`
原始查询	`LOC130994826`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclear pore complex protein NUP85
产物	nuclear pore complex protein NUP85
Arabidopsis	`AT4G32910` (AT4G32910) nuclear pore complex Nup85-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829427] identity=61.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0746200` (NUP85) - identity=58.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006406 (mRNA export from nucleus); GO:0006606 (protein import into nucleus); GO:0017056 (structural constituent of nuclear pore); GO:0031080 (nuclear pore outer ring); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	smil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF07575 (Nucleopor_Nup85)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775885.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057775885.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057775885.1`
4	Nuclear pore complex	核孔复合体	0.40000	`XP_057775885.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775885.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54301479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:54302010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr7:54302030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr7:54302040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:54302092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr7:54302240`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B58,B6,C67,D6
`Chr7:54303020`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr7:54303025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C54
`Chr7:54303151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr7:54303900`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B58,B6,C67,D6
`Chr7:54304447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr7:54305879`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775885.1

706 aa

353

706

Nucleopor_Nup85

PF07575 Nucleopor_Nup85 86-668 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775885.1`	Pfam	`PF07575`	Nucleopor_Nup85	Repeat	86	668	1.8e-130	437.0	Nup85 Nucleoporin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919902.1
TATAGAGTCAGCGCTTCAAAATTCCCAGTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTAAGCCCTTGCAAAACCCTGAGCTATATTCCGGCAGTATGCCGGGAGTGACATCAGATTCCGGCGAGTCCAACTCTCTCTCCATTGTTCCCCACTCCTTGGAGGCGCAAGCGCCGATAGTCTATCCTCTGCGAGCGCACTGCGCCGCCCCGCCGTTCGGCCGCGTCTCTATCTCCTGGGCGCGTGGTAACACGCTCCGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994826
ATGCCGGGAGTGACATCAGATTCCGGCGAGTCCAACTCTCTCTCCATTGTTCCCCACTCCTTGGAGGCGCAAGCGCCGATAGTCTATCCTCTGCGAGCGCACTGCGCCGCCCCGCCGTTCGGCCGCGTCTCTATCTCCTGGGCGCGTGGTAACACGCTCCGCGTCTCGCTCCTGCAATCCGGAGGAGCTGAATCCGGTGGGGAAGTCGTGGAAGTGAATCTCACCAATGCGGAAGGCGGAGAAATCCCCGAAGCTGAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775885.1
MPGVTSDSGESNSLSIVPHSLEAQAPIVYPLRAHCAAPPFGRVSISWARGNTLRVSLLQSGGAESGGEVVEVNLTNAEGGEIPEAERLRIACGSVTPFAVLQSRKNPIDKLQYDKTWWVHVMEYSKEIKSLLGNSKSYVAPTIEDPKTLLKKVEEPTSLKAAWELMELFYADKQSQTWIPERLLDWLADYDCLLSATQPTVHAGLVSFQKGLVTIQAVENDPEYWEVMSSALGVGWLDIVVKMLRLHGSFQLDQLASREI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器