Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004287`

染色体: Chr07 坐标: 55442539-55446520 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004287`
名称	SmilChr07G004287
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g17616
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	55442539 - 55446520 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994828`
GeneID	`130994828`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994828`
原始查询	`LOC130994828`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g17616
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g17616
Arabidopsis	`AT4G17616` (AT4G17616) Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240541] identity=43.4; qcov=0.92; evalue=1.14e-175; confidence=medium
Rice	`Os07g0495300` - identity=34.9; qcov=0.751; evalue=1.77e-84; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF25245 (TPR_At1g68980)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994828

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057775889.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775889.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775889.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775889.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775889.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:55443311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:55443328`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B71,C16,D6
`Chr7:55443390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B71,C16,D6
`Chr7:55443402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B2,C23,C70
`Chr7:55443458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr7:55443459`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B13
`Chr7:55443459`	`T`	`TAG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B13
`Chr7:55443518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:55443553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr7:55443567`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B53,B60,C5,C59
`Chr7:55443589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B59,C61,C80
`Chr7:55443592`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B109,B59,C61,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775889.1

687 aa

344

687

TPR_At1g68980

PPR

PF25245 TPR_At1g68980 70-204 aa PF01535 PPR 461-490 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775889.1`	Pfam	`PF25245`	TPR_At1g68980	Repeat	70	204	4.3e-10	40.6	At1g68980, TPR repeats
`XP_057775889.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	461	490	4.1e-13	49.3	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919906.1
TACCGCTTTCTTCATTTCTCAAGCAATACAGTTAGAAACTCCCATTTCCTCTATGTTTTAAGCTCCCGATTATGGAGTTTCAAGTCTCAGCTCTTCTAATAAATCACTACCCTAAGAGATAGCAACCGCAATCCTTTTCGAATCTGTTAGTTTTCGATTTTGGTAGGTTTTGAAACATCTGTTAATGTATCCATTTTCCCCTCAAAACACAATTTCCATTTGATTTGGTGAGGTTTTAAATATTCTAGTTATTCCATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994828
ATGATGCGAGCATTGATAAGGGAGAACCAAAGAGGATTAGGTTTATTAAGATCAATATTTGGTGGAAGATTTGCCTTAGGTCACAATGTGAGGTGTCATGAAGTGAATGGATATGATAGGAAATTCAGTGATCACTTTCCGAAAGAAATTTCCACGGCCGGTGCTACGATGGAAAATTTGTGTTCAAAAGGAACCTCTCGGTGGAGCTTGTTAGGGAAGCTAGAGAGAGAGTTGAAGGAACATAAAGTGGATGAGGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775889.1
MMRALIRENQRGLGLLRSIFGGRFALGHNVRCHEVNGYDRKFSDHFPKEISTAGATMENLCSKGTSRWSLLGKLERELKEHKVDEAWETYNNFVRVYGFVDQSLMANLITESSYSSDSKCLRMACHLVVKLSKERPALLRPELMTKLVLSLARAQILVLAARVVRVMLEKKILPSLDMLQMVFLHLVKTDTGTYLASNILEEICYSLKELKVNRTMTRPDVMIFNLVLAACVRYGASLKAQQIMELMPVVGVAADAHTAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器