Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004263`

染色体: Chr07 坐标: 55049237-55053189 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004263`
名称	SmilChr07G004263
描述	AT-rich interactive domain-containing protein 2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	55049237 - 55053189 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994829`
GeneID	`130994829`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994829`
原始查询	`LOC130994829`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AT-rich interactive domain-containing protein 2-like
产物	AT-rich interactive domain-containing protein 2-like
Arabidopsis	`AT4G11400` (AT4G11400) ARID/BRIGHT DNA-binding, ELM2 domain and myb-like DNA-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826744] identity=38.8; qcov=0.648; evalue=2.44e-70; confidence=medium
Rice	`Os04g0166400` - identity=48.7; qcov=0.341; evalue=6.15e-54; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF01388 (ARID)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775891.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775891.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775891.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775891.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775891.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:55049648`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B36,B75,C34
`Chr7:55049685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr7:55049854`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B30,B74,C72,C82
`Chr7:55049898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:55049961`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D2
`Chr7:55049961`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D2
`Chr7:55050006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B26,B81,C59,C9
`Chr7:55050013`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B29,B30,B74,B97,C72
`Chr7:55050490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:55051636`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:55051757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B132,B25
`Chr7:55051885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775891.1

684 aa

342

684

ARID

PF01388 ARID 50-130 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775891.1`	Pfam	`PF01388`	ARID	Domain	50	130	3.6e-11	44.0	ARID/BRIGHT DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919908.1
GAGACGATCGAGTATTATACCTATCCAAGATTTAGGGTTGGGTTCTTCCCTAAGCTGTATGGTGCCCTCAGAAACCATCTAAATTACATCGTCTTTCATCCCAAATTAATCTTCTTTATTTGAGGAAAAATCAAATACCTTTCACTCTTTTCCTTAAAATTCACCTGATTTCCTTTAAGGCCCCAGATTTCTATAATCTGTAGCCGTATCTCATGATCTGATTCTTCCTAAGACTGAGACAGCTAGCTAATCACCTGATT...

XM_057919909.1
GACGATCGAGTATTATACCTATCCAAGATTTAGGGTTGGGTTCTTCCCTAAGCTGTATGGTGCCCTCAGAAACCATCTAAATTACATCGTCTTTCATCCCAAATTAATCTTCTTTATTTGAGGAAAAATCAAATACCTTTCACTCTTTTCCTTAAAATTCACCTGATTTCCTTTAAGGCCCCAGATTTCTATAATCTGTAGCCGTATCTCATGATCTGATTCTTCCTAAGACTGAGACAGCTAGCTAATCACCTGATTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994829
ATGGTTAAGTTGAGAGATGGCAGTGGTGGTGGTGGCAACTTTGATGATGGAAATGATATAAAAACATTTAGGTTTGCTTTTGATCTCAATTTTCAGATAGAGAAGTACCGTTTTGATTCGTGTAAGCAGAGGCTAAAGAGTTTGTTTGATCAAGTTGTTGTTGCTTTTTTGAGAGATAAGTCTGCTGGCAAATTTCATAGGCCTATTCCTGCATTCTGTGGTGATGGGCAGCAAGTCGATTTGTTTAAGCTCTTTTGGCT...

LOC130994829
ATGAATTATTTGAACGAGCTGGATCGATGGCTACAACAAGTGTTTAGCAAGAGAGTGTTGGAGGATGACCATTGTGGGTTTATCCAAAAATTGGATTTATTGTCTCGGGAGTTGGAAGTTCGGTTCAAAGGTTTGTTGCCGGAGAAGCAAGAGCAAGAGCAGCTAGAGGAAGTTGCTATGTTTGTTGGAGAGGCAAATGACATGTCTCTTGTCATGATTGATGATTTTGCTTCATCAGCGAATAATGCAGCAGCGGAGAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057775891.1
MVKLRDGSGGGGNFDDGNDIKTFRFAFDLNFQIEKYRFDSCKQRLKSLFDQVVVAFLRDKSAGKFHRPIPAFCGDGQQVDLFKLFWLVRKFGGYDAVSRNNLWGFISEECGLGCGAIASLKLVYMNYLNELDRWLQQVFSKRVLEDDHCGFIQKLDLLSRELEVRFKGLLPEKQEQEQLEEVAMFVGEANDMSLVMIDDFASSANNAAAEIANEQNGISRGQDDDDGGIIGSAKKLIDNITNKVLNHRETTIAGDENDGE...

XP_057775892.1
MNYLNELDRWLQQVFSKRVLEDDHCGFIQKLDLLSRELEVRFKGLLPEKQEQEQLEEVAMFVGEANDMSLVMIDDFASSANNAAAEIANEQNGISRGQDDDDGGIIGSAKKLIDNITNKVLNHRETTIAGDENDGESSSPLGKNGSFVSAKKVDVVICRKPDFSEKVPDDEERFIAQPSSDDKITSRSDAGNVLSSRKRKQEPRSFSGMLEWLIQAAKRPGDPSLGSIPECSKWSDGDGEFWAEALFVREALLIRRHASK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器