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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003651`

染色体: Chr01 坐标: 54972631-54975991 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003651`
名称	SmilChr01G003651
描述	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	54972631 - 54975991 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994834`
GeneID	`130994834`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994834`
原始查询	`LOC130994834`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 2-like
产物	MA3 DOMAIN-CONTAINING TRANSLATION REGULATORY FACTOR 2-like
Arabidopsis	`AT1G22730` (AT1G22730) MA3 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838879] identity=58.8; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0222100` - identity=61.6; qcov=0.848; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0045892 (negative regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02847 (MA3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994834

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057775902.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775902.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057775902.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775902.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775902.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:54973341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr1:54973410`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B106,C72
`Chr1:54973410`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B106,C72
`Chr1:54973675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:54974034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr1:54974204`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B101
`Chr1:54974204`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B101
`Chr1:54974256`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	51	A11,A5,A9,B1,B101,B112,B119,B120,B17,B19,B22,B31,B41,B45,B46,B47,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B61,B62,B64,B74,B81,B91,B93,B94,B96,C1,C2,C24,C34,C45,C48,C51,C56,C57,C64,C66,C67,C71,C73,C77,C8,C85,C9,D1,D5
`Chr1:54974264`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	50	A11,A5,A9,B1,B101,B112,B119,B120,B17,B19,B22,B31,B41,B45,B46,B47,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B61,B62,B64,B74,B81,B91,B93,B94,B96,C1,C2,C24,C34,C45,C48,C51,C56,C57,C64,C66,C67,C71,C73,C77,C8,C85,D1,D5
`Chr1:54974595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:54974631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B30,B57,C38,C76
`Chr1:54974813`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775902.1

704 aa

352

704

MA3

PF02847 MA3 116-227 aa PF02847 MA3 280-391 aa PF02847 MA3 415-526 aa PF02847 MA3 584-692 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775902.1`	Pfam	`PF02847`	MA3	Repeat	116	227	1.4e-110	364.0	MA3 domain
`XP_057775902.1`	Pfam	`PF02847`	MA3	Repeat	280	391	1.4e-110	364.0	MA3 domain
`XP_057775902.1`	Pfam	`PF02847`	MA3	Repeat	415	526	1.4e-110	364.0	MA3 domain
`XP_057775902.1`	Pfam	`PF02847`	MA3	Repeat	584	692	1.4e-110	364.0	MA3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919919.1
AATATCAATCTGAGTAACCGATTTTCCCGGGCTTTTACCCCTTTCAAAACGACCACAACCCTATCCCCTGGGAATCGCCATCCAACTGAAACATAACAACCTCTTCTCATCCTAACCGCCATCATTTCCATGATTAATTCAAAAAATCCTTCACGAAATCATCTAATTAATCGTCCATCGTCAAAGCTTACTGTTTTTTTCCTGGCTTCAATTAATTTTCAGTGCTCTGAATCTACAGGTCGCCCCTTTGGATTTTGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994834
ATGGACTACACAGATAAGTTTATGTCGAGCGAGCATCAAGAACAGTTCCGATCAGCTTTAGAGAGCGCAGATCCATCATCTGTCTCCCCCTTGCTCATCTCGACAACATCCCCACGATCCCCACGATCACCGAGAGGTAAGCACATCGGGAGCCCCCTCAAGACTCAAAAGTCCCATTCTGGGAAAGCTGGTGATCCCAAAAAAGGCGGTTATGGTGGGAAAGGGACCTGGGGAGGACTACTTGATATGGAAGACCGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775902.1
MDYTDKFMSSEHQEQFRSALESADPSSVSPLLISTTSPRSPRSPRGKHIGSPLKTQKSHSGKAGDPKKGGYGGKGTWGGLLDMEDRHVDDPDDPNYLSDKDDAKLSTRRDEQFEEFKKKATIMVEEYFDNDDVTSTANELREVEMPGYYFYFVKKLVSIAMDRRDKEKEMASILLSSLYGDVIDPKQVYKGFQKLVQSADDLVVDIPDAVDVLAMFIARAIVDDILPPSFLTKTMAYLSKESKGVDVIKRAEKGYLSAPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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