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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004202

染色体: Chr07 坐标: 54108363-54118504 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004202
名称SmilChr07G004202
描述probable glycosyltransferase At5g03795
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向54108363 - 54118504 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994836
GeneID130994836
locus_tag-
NCBI NameLOC130994836
原始查询LOC130994836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glycosyltransferase At5g03795
产物probable glycosyltransferase At5g03795
ArabidopsisAT5G25820 (AT5G25820)
Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832651]
identity=45.3; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0107700
-
identity=53.7; qcov=0.603; evalue=8.75e-155; confidence=high
GOGO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057775905.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057775905.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775905.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775905.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775905.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:54115561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr7:54115605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B109,B59,B85,C86
Chr7:54115688 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr7:54115705 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B110,B42,B43,D11
Chr7:54115707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B109,B59,C86
Chr7:54115727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B16,B80,C53,D2
Chr7:54115866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C25
Chr7:54115868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B16,B80,C53,D2
Chr7:54115873 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:54115942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,A24,B52,B86,C55
Chr7:54115972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,C25
Chr7:54115981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,B14,B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775905.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775906.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775907.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775908.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775909.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775910.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775911.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775912.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
XP_057775913.1
633 aa
N
1
316
633
Exostosin_GT47
C
PF03016 Exostosin_GT47 307-583 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775905.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775906.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775907.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775908.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775909.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775910.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775911.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775912.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain
XP_057775913.1 Pfam PF03016 Exostosin_GT47 Domain 307 583 1.4e-68 232.1 Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

9 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919930.1
TAGAAAACTAATACACGAATTTCGTTCTATTTAAACTTGACACCATAACCCCCAATTCATACACCAACAACTGAATTTCCTCACCTGATCCTTTCATCCTCCTATTTTCACTGCAGAATCTCCATCGATATCGAGATATTGCCCGGGGACTGCCCTAGTCGCGTTGCAGATTGCCCGAGACCAGTTCTGCATAGAGATCTTGAGTTATGGGGTCGGATCTTAGTCGTAAATGTCAAGTAGAGTCTAGGAGAGTCGTGTGG...
XM_057919923.1
ACACCATAACCCCCAATTCATACACCAACAACTGAATTTCCTCACCTGATCCTTTCATCCTCCTATTTTCACTGCAGAATCTCCATCGTGGTTGGTGCTCCCATTTGTCTTCTCAAAGATTCAATTTTGGTGGAGGAGCAGTTGTGATAGAGATATCGAGATATTGCCCGGGGACTGCCCTAGTCGCGTTGCAGATTGCCCGAGACCAGTTCTGCATAGAGATCTTGAGTTATGGGGTCGGATCTTAGTCGTAAATGTCA...

CDS

9 records

下载 CDS FASTA
LOC130994836
ATGGGGTCGGATCTTAGTCGTAAATGTCAAGTAGAGTCTAGGAGAGTCGTGTGGATAGTAGCTCTGGTGCTTGCCTCGGTCTTAGTAGTTCAATTCTTCGACATGCCATATGGAGGCCGCGTGCTGTCGTTGTTCCCTATGGGGACGTCTCAGTTCAACTCGTCTGGTGTTGGATATGATGGGCAGCAGTCGAACCTGAATCACTCGTTGCCAACGAGGCAGCAGTCACAGGAGGGAAGTGTTTCCAAAGGAAACGTTGT...
LOC130994836
ATGGGGTCGGATCTTAGTCGTAAATGTCAAGTAGAGTCTAGGAGAGTCGTGTGGATAGTAGCTCTGGTGCTTGCCTCGGTCTTAGTAGTTCAATTCTTCGACATGCCATATGGAGGCCGCGTGCTGTCGTTGTTCCCTATGGGGACGTCTCAGTTCAACTCGTCTGGTGTTGGATATGATGGGCAGCAGTCGAACCTGAATCACTCGTTGCCAACGAGGCAGCAGTCACAGGAGGGAAGTGTTTCCAAAGGAAACGTTGT...

Protein

9 records

下载 Protein FASTA
XP_057775905.1
MGSDLSRKCQVESRRVVWIVALVLASVLVVQFFDMPYGGRVLSLFPMGTSQFNSSGVGYDGQQSNLNHSLPTRQQSQEGSVSKGNVVLGDLPDIKHTDEEDGMVRTASVVPEKASSSSEISPSAAAPDEEAGVADVSPSVSVTAAAPAPYEARVETYNASTSNSSTTALVSGGDARVAASPTSSTESAPSDVDGENVTSRNESNGALNSPVALDEHSSVVNSPPTEQPKIPEKSPSVSSISDMNDMLLHSRASSFSEAPL...
XP_057775906.1
MGSDLSRKCQVESRRVVWIVALVLASVLVVQFFDMPYGGRVLSLFPMGTSQFNSSGVGYDGQQSNLNHSLPTRQQSQEGSVSKGNVVLGDLPDIKHTDEEDGMVRTASVVPEKASSSSEISPSAAAPDEEAGVADVSPSVSVTAAAPAPYEARVETYNASTSNSSTTALVSGGDARVAASPTSSTESAPSDVDGENVTSRNESNGALNSPVALDEHSSVVNSPPTEQPKIPEKSPSVSSISDMNDMLLHSRASSFSEAPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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