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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004136

染色体: Chr07 坐标: 53144325-53148186 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004136
名称SmilChr07G004136
描述uncharacterized SmilChr07G004136
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向53144325 - 53148186 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994839
GeneID130994839
locus_tag-
NCBI NameLOC130994839
原始查询LOC130994839

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bromo-adjacent domain protein, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826749]; symbol=AT4G11450; hit=AT4G11450; species=arabidopsis; confidence=medium
产物bromo-adjacent domain protein, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826749]; symbol=AT4G11450; hit=AT4G11450; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G11450 (AT4G11450)
bromo-adjacent domain protein, putative (DUF3527) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826749]
identity=36; qcov=1.15; evalue=9.73e-100; confidence=medium
RiceOs03g0105800
-
identity=35.5; qcov=0.722; evalue=1.79e-64; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF12043 (DUF3527)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994839

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057775916.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057775916.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775916.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775916.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775916.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:53145439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:53145516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B35,B76,C53
Chr7:53145518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr7:53145544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B71,C16
Chr7:53145550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,C34,C71,C73,C82
Chr7:53145684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B3
Chr7:53145722 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B21,B68,B7
Chr7:53145728 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,C10
Chr7:53145816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B61,B94,C52,C80
Chr7:53145895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:53145935 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B7,B70
Chr7:53145939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B118,C25,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775916.1
616 aa
N
1
308
616
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 267-377 aa PF12043 DUF3527 382-551 aa
XP_057775918.1
616 aa
N
1
308
616
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 267-377 aa PF12043 DUF3527 382-551 aa
XP_057775919.1
616 aa
N
1
308
616
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 267-377 aa PF12043 DUF3527 382-551 aa
XP_057775920.1
616 aa
N
1
308
616
DUF3527
DUF3527
C
PF12043 DUF3527 267-377 aa PF12043 DUF3527 382-551 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775916.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 267 377 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775916.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 382 551 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775918.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 267 377 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775918.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 382 551 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775919.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 267 377 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775919.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 382 551 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775920.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 267 377 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)
XP_057775920.1 Pfam PF12043 DUF3527 Family 382 551 5.3e-87 293.3 Domain of unknown function (DUF3527)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919937.1
GAGTATCAATTTTCTAGTACAGTATTATATAAGATGGAAATATAGGCATGCATGTTCTCTTTATTGTGCAAATTAACTTTATTCATATGGTGGGCTGCTCCTCAATGATTTTCTCTTTTCCCTTTTCACTCATCCCCACACTCATTTCTTTGTCTCTTTGAGAAGGAAAACAAGAAAATTTCCAAGAACTGGTTTTTTTTCCCTGATTCTTTTTGGGTTCTGGAATTTTGCATTTTCTTGTTTGGAACGTGATATTGGGT...
XM_057919936.1
GGAAATATAGGCATGCATGTTCTCTTTATTGTGCAAATTAACTTTATTCATATGGTGGGCTGCTCCTCAATGATTTTCTCTTTTCCCTTTTCACTCATCCCCACACTCATTTCTTTGTCTCTTTGAGAAGGAAAACAAGAAAATTTCCAAGAACTGGTTTTTTTTCCCTGATTCTTTTTGGGTTCTGGAATTTTGCATTTTCTTGTTTGGAACGTGATATTGGGTTTTACCAAACAAGGCTTCGAGCTCAAGAGAAGGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130994839
ATGGACTTAGACTTCGACAAGTATTGTCTTGTAGATGGAAGTCCCACAACCGTGCTACCCGTTCCTAGGCCTCGTTCGTGTGTTGCAGGTAGAAAACCAAGTGGAAAGCGCGAATTTGGGAATGAGACACCAAGCCCCACTGAGTTTGAGATTGATTTTGGTGACTACTGTAGCGGATCGTGTAGAGATGTCCGGTCCCAGAGAATTAGTGGTGAAGTGCTGAAGAGAGGATCGGTCTATCAAAGCTCCAAAGAGGCAAA...
LOC130994839
ATGGACTTAGACTTCGACAAGTATTGTCTTGTAGATGGAAGTCCCACAACCGTGCTACCCGTTCCTAGGCCTCGTTCGTGTGTTGCAGGTAGAAAACCAAGTGGAAAGCGCGAATTTGGGAATGAGACACCAAGCCCCACTGAGTTTGAGATTGATTTTGGTGACTACTGTAGCGGATCGTGTAGAGATGTCCGGTCCCAGAGAATTAGTGGTGAAGTGCTGAAGAGAGGATCGGTCTATCAAAGCTCCAAAGAGGCAAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057775916.1
MDLDFDKYCLVDGSPTTVLPVPRPRSCVAGRKPSGKREFGNETPSPTEFEIDFGDYCSGSCRDVRSQRISGEVLKRGSVYQSSKEAKLIQETDAAVGRKKIEFSPRTASSLSIEIIESLCNSDEESSVMSFSEQSTASGYANGVEFCYDDSTEEASSPRGKDVALSLHGPLSARFGLPHSPANSGRDSSRASSSSRGRFSHVRNMLDPFVKSKSRRSPLCSFNKTHGETTSGRPMLGDIFEKPHHVEYDHQYEEKKETHN...
XP_057775918.1
MDLDFDKYCLVDGSPTTVLPVPRPRSCVAGRKPSGKREFGNETPSPTEFEIDFGDYCSGSCRDVRSQRISGEVLKRGSVYQSSKEAKLIQETDAAVGRKKIEFSPRTASSLSIEIIESLCNSDEESSVMSFSEQSTASGYANGVEFCYDDSTEEASSPRGKDVALSLHGPLSARFGLPHSPANSGRDSSRASSSSRGRFSHVRNMLDPFVKSKSRRSPLCSFNKTHGETTSGRPMLGDIFEKPHHVEYDHQYEEKKETHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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