Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004148`

染色体: Chr07 坐标: 53317918-53324116 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004148`
名称	SmilChr07G004148
描述	uncharacterized SmilChr07G004148
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	53317918 - 53324116 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994840`
GeneID	`130994840`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994840`
原始查询	`LOC130994840`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G40087` (AT1G40087) Plant transposase (Ptta/En/Spm family) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840721] identity=24.4; qcov=0.473; evalue=4.14e-14; confidence=weak
Rice	`Os04g0610000` - identity=32.7; qcov=0.442; evalue=1.11e-30; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994840

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775921.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057775921.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775921.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775921.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775921.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:53319492`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C23
`Chr7:53319498`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C23
`Chr7:53319530`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr7:53319535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr7:53319702`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr7:53319725`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B70
`Chr7:53319973`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775921.1

616 aa

308

616

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 326-456 aa

XP_057775923.1

615 aa

308

615

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 325-455 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775921.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	326	456	6.1e-30	104.9	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
`XP_057775923.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	325	455	6.1e-30	104.9	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919940.1
GGAGGACGCGCGTTTCTTCTATTTTTCACATTTTGGCGGACTTTCTTCCTCAATCCAATTTCACTCAAACTCTTCCAATTTTCATATCACTCATTCTTCTCTCCCATGAAACATTCATCAATCTCCAATTTCATATCATCAAAATACTCAAAAATCTGAAATCCATATTGCCACCGCTGCAGCGTCGTCATCGCCGAGCCGCCGCTGCGCCGTCATCATCGCCGAGCCACTGCTGCGCCGTCATCATCGCCGAGCCACTG...

XM_057919938.1
GAGGACGCGCGTTTCTTCTATTTTTCACATTTTGGCGGACTTTCTTCCTCAATCCAATTTCACTCAAACTCTTCCAATTTTCATATCACTCATTCTTCTCTCCCATGAAACATTCATCAATCTCCAATTTCATATCATCAAAATACTCAAAAATCTGAAATCCATATTGCCACCGCTGCAGCGTCGTCATCGCCGAGCCGCCGCTGCGCCGTCATCATCGCCGAGCCACTGCTGCGCCGTCATCATCGCCGAGCCACTGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994840
ATGGCGCCAAACACGAAATCTCATGGAAATCGTGGAAGACATTCAAGGCGTGCACAAAATGACAGCCCTGATTCCGTTGATGATTTAACTGATACCCAATTAGGCCTAGATCATATTGAAAGACCCGCTAATATGCAACTAAGAAAACCTCGTACTAATAGAGGTTGGCATCAAAGGAGTGAGCAAAACAATGACATCCTTGATTCATTGAATGACTCATCCGAGCGTGAGATAGGCTTAGATCATATTGAAAGGAGCGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057775921.1
MAPNTKSHGNRGRHSRRAQNDSPDSVDDLTDTQLGLDHIERPANMQLRKPRTNRGWHQRSEQNNDILDSLNDSSEREIGLDHIERSADIQVRKPRTNRGWHQRTGQENYIIGSLNDSSEREIGLDHIERSADIQVRKPRTNRGRRQRTGQNNDIIGSLNDSSEREIVQNTSENVQEVGCRTSKNNSENVTTELVDGGNKKKRARGPTCMPKVWGLNKNFNVSFNELGQPNDRKQTSTLAHFLGTIARNGSFCPLHYTDWR...

XP_057775923.1
MAPNTKSHGNRGRHSRRAQNDSPDSVDDLTDTQLGLDHIERPANMQLRKPRTNRGWHQRSEQNNDILDSLNDSSEREIGLDHIERSADIQVRKPRTNRGWHQRTGQENYIIGSLNDSSEREIGLDHIERSADIQVRKPRTNRGRRQRTGQNNDIIGSLNDSSEREIVQNTSENVQEVGCRTSKNNSENVTTELDGGNKKKRARGPTCMPKVWGLNKNFNVSFNELGQPNDRKQTSTLAHFLGTIARNGSFCPLHYTDWRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器