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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004207

染色体: Chr07 坐标: 54245504-54251144 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004207
名称SmilChr07G004207
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 2.7-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向54245504 - 54251144 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994850
GeneID130994850
locus_tag-
NCBI NameLOC130994850
原始查询LOC130994850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 2.7-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 2.7-like
ArabidopsisAT3G45650 (NAXT1)
nitrate excretion transporter1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823707]
identity=49.9; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0687000 (OsNPF2.4)
-
identity=34.7; qcov=0.991; evalue=9.72e-102; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00854 (PTR2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057775937.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057775937.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775937.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775937.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775937.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:54245642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:54245669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:54245674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B103,B86,C7
Chr7:54245680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A24,C54,D11
Chr7:54245868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C54
Chr7:54245921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:54245933 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:54245945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:54245978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B57,B76,C45
Chr7:54246797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,C57,D2
Chr7:54246923 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 9 B101,B111,B134,B54,B7,C20,C28,C5,C50
Chr7:54246981 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775937.1
552 aa
N
1
276
552
PTR2
C
PF00854 PTR2 98-501 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775937.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 98 501 2e-62 212.1 POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919954.1
ATCTTCAACCAACTTTCCATTTCTACTTGGTTCTCAAAAAAAAACTTTCCATTTCTACTATTGAAAAAAAAAAACATCTTTTGTCCAAACATGGGTGGCGATCAAGAGCAAATTGCCTCTCTCGCCGGAGATGGAGAACCGCCGCCAGCCTCCACCGCCGACCGCCGCCTCGGTGGCTGGAGCACCTTCCCTTTCATCATAGCATGCGTTTCCTTGCTGACTCTCGCCGGCGGCGGCCTAATCAACAACCTAATCGTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994850
ATGGGTGGCGATCAAGAGCAAATTGCCTCTCTCGCCGGAGATGGAGAACCGCCGCCAGCCTCCACCGCCGACCGCCGCCTCGGTGGCTGGAGCACCTTCCCTTTCATCATAGCATGCGTTTCCTTGCTGACTCTCGCCGGCGGCGGCCTAATCAACAACCTAATCGTCTTCTTGATCACCCAATTCAACATCCAAAACGTCGACGCCGCCCTAATCAACAACGTCTTCAACGGCTGCGTCAACCTCTTCCCTCTCGTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775937.1
MGGDQEQIASLAGDGEPPPASTADRRLGGWSTFPFIIACVSLLTLAGGGLINNLIVFLITQFNIQNVDAALINNVFNGCVNLFPLVGAVAADSLLGCFSVICISSLVSSLGFLLLLLTTTVETLTPPTCKTASNPCIPPSKSQYAVLYSALALVSIGVGGARFTLATMGANQFTELGHQSTYFNWYFFSLYGASFVSATGIVYVEDNVSWGLGFGICTAASVVGLAVFLLGSRYYRRDEPRGSPFTGLIRVVVASLRKRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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