Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004208`

染色体: Chr07 坐标: 54257180-54259930 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004208`
名称	SmilChr07G004208
描述	flavonoid-6-hydroxylase-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	54257180 - 54259930 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994857`
GeneID	`130994857`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994857`
原始查询	`LOC130994857`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	flavonoid-6-hydroxylase-like
产物	flavonoid-6-hydroxylase-like
Arabidopsis	`AT4G31970` (CYP82C2) cytochrome P450, family 82, subfamily C, polypeptide 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829327] identity=48.45; qcov=0.967; evalue=5.04e-175; confidence=high
Rice	`Os09g0441100` - identity=37.65; qcov=0.946; evalue=4.78e-110; confidence=medium
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994857

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057775947.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057775947.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54257338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,C34,C48,C56
`Chr7:54257478`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C23
`Chr7:54257503`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B105
`Chr7:54257503`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B105
`Chr7:54257506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr7:54257577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr7:54257578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,D6
`Chr7:54257710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr7:54257788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B26,C46
`Chr7:54257803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B31,B4
`Chr7:54257885`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr7:54257906`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775947.1

516 aa

258

516

p450

PF00067 p450 38-489 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775947.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	38	489	8.3e-95	319.0	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919964.1
GTAAGCCGTTGTAAATAATTATTTATAAGCTCCGCCAGAACATTCTCTAATACAGGCATCACTTCTTAGTGATGGAATTCAGCGCAGCCGTAGTCTACGGCGCCGCAGCCTTCATTTCCCTTCTCTTTTACTACCTAATCCGGTTAAGATCAGCCGATCCCACGCTCCGAGCGCCGCCCGAGGCCGGCGGAGCATGGCCTTTCCTCGGCCATCTCCACCTCATAAGCGGCGGCCCCTCCTCCGGCCTCCCCCACGTCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080393.1_cds_XP_057775947.1_39496
ATGGAATTCAGCGCAGCCGTAGTCTACGGCGCCGCAGCCTTCATTTCCCTTCTCTTTTACTACCTAATCCGGTTAAGATCAGCCGATCCCACGCTCCGAGCGCCGCCCGAGGCCGGCGGAGCATGGCCTTTCCTCGGCCATCTCCACCTCATAAGCGGCGGCCCCTCCTCCGGCCTCCCCCACGTCAACCTAGGCGCCCTCGCCGACAAGCACGGCCCCATCTTCACGATCCGCATCGGCGTGCACCGCGCCGCCGTGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775947.1
MEFSAAVVYGAAAFISLLFYYLIRLRSADPTLRAPPEAGGAWPFLGHLHLISGGPSSGLPHVNLGALADKHGPIFTIRIGVHRAAVVSSWELAKQAFTANDAAVSSRPSVKAGKHLGYGNAMLGFAEHGAYWRQLRKLASAELFSARRLERQRRVRVAETLIFVSELHALWQRERGAAVDMKERLGELNLNVMLRLVARKELRGGEEARRCRRVMRDFFHMAGLFVPSDAFPYLEWLDIGGHERRMKRAAEEMDEIVGEW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器