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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004167

染色体: Chr07 坐标: 53575057-53577097 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004167
名称SmilChr07G004167
描述BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向53575057 - 53577097 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994868
GeneID130994868
locus_tag-
NCBI NameLOC130994868
原始查询LOC130994868

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
产物BTB/POZ domain-containing protein At5g41330
ArabidopsisAT5G41330 (AT5G41330)
BTB/POZ domain with WD40/YVTN repeat-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834135]
identity=61.9; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0419200
-
identity=41.4; qcov=0.677; evalue=4.04e-76; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0051260 (protein homooligomerization)
KEGG-
PfamPF02214 (BTB_2); PF25279 (Beta_prop_At2g24240)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775962.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775962.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775962.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775962.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:53575318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B131,B2
Chr7:53575337 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr7:53575401 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C57,C61
Chr7:53575458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,A8,B13,B140
Chr7:53575472 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B134,B34,B99,C23
Chr7:53575487 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C30
Chr7:53575487 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C30
Chr7:53575570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B91
Chr7:53575584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B91
Chr7:53575627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:53575777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B34,B7,B99,C23
Chr7:53575820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775962.1
461 aa
N
1
230
461
BTB_2
Beta_prop_At2g24240
C
PF02214 BTB_2 23-108 aa PF25279 Beta_prop_At2g24240 135-457 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775962.1 Pfam PF02214 BTB_2 Domain 23 108 6.2e-11 43.2 BTB/POZ domain
XP_057775962.1 Pfam PF25279 Beta_prop_At2g24240 Repeat 135 457 3.2e-16 59.8 At2g24240-like, C-terminal beta propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919979.1
TCCCAAATATAACAATATTAAAATCAATTTTGTTTGTCCTAACTTGCTAAGAGCCTTCGTTTTCTAGCCTTTGTTGACCGAACCCACGCTGACCTTCTAGATATTCTCCTTCTCGTTTTCTCTTCAACGCCCCTCTCTCTACAAAACCAGGCCTCCATTGTTTTCTGCTCTTACTTTTCTTCCACATTTCCATTTCACAAACGCTAAATTTCACTCTTATTTACTCCACTCTTAAATACTACTTCCAAAATCGGAGTTTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994868
ATGCCGCCTTTTCAAGGATCGAAGGCGCGTTTGAACGGCGCTCATCACGGTTCCAATTCGAACGTGGTCACAATCGATGTGGGCGGCCAGCTTTTCCAGACGACCAAACAAACCCTATCCTCGGTCGGCTCCAAATCCTTCTTCTCGAAGGTGGTTTCCGACTCCAATGGCGCAATCCCCTTCATCGACAGGGACCCCGAGCTCTTCTCTCTCTTCCTCTCCCTCCTCCGCACCGGCAACCTCCCCTCCAAGGCGAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775962.1
MPPFQGSKARLNGAHHGSNSNVVTIDVGGQLFQTTKQTLSSVGSKSFFSKVVSDSNGAIPFIDRDPELFSLFLSLLRTGNLPSKAKSFDMQDLIFESRFYGIEDLLINSQSNPAQFDAFNLEKSLILPLSGRDSPSAIATTPYGSLHVAHGSKITSFDWSLRRKSTILTQFMAVDSLLALSPSLAAAGATDFSGLQILDLDEGTVADTLNWENVTRSGSTVQAIGASNEHLFTSFESSRRNSNCIMVYDLRDDLRAVTTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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