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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004302

染色体: Chr07 坐标: 55601981-55618638 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004302
名称SmilChr07G004302
描述putative F-box protein At5g62660
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55601981 - 55618638 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994873
GeneID130994873
locus_tag-
NCBI NameLOC130994873
原始查询LOC130994873

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative F-box protein At5g62660
产物putative F-box protein At5g62660
ArabidopsisAT3G52320 (AT3G52320)
F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824397]
identity=25.7; qcov=0.763; evalue=1.76e-11; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF08268 (FBA_3); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994873

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775967.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057775967.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775967.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775967.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775967.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55602282 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B119,B98
Chr7:55602282 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B119,B98
Chr7:55602285 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B119,B98
Chr7:55602285 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B119,B98
Chr7:55602346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr7:55602349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B28
Chr7:55602384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B88,C57,D9
Chr7:55602409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,B81
Chr7:55602498 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C6
Chr7:55602576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C24,D6
Chr7:55602606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:55602646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775967.1
423 aa
N
1
212
423
F-box-like
F-box
C
PF12937 F-box-like 59-97 aa PF00646 F-box 59-99 aa
XP_057775968.1
423 aa
N
1
212
423
F-box-like
F-box
C
PF12937 F-box-like 59-97 aa PF00646 F-box 59-99 aa
XP_057775969.1
413 aa
N
1
206
413
F-box-like
F-box
FBA_3
C
PF12937 F-box-like 57-95 aa PF00646 F-box 57-97 aa PF08268 FBA_3 163-288 aa
XP_057775970.1
413 aa
N
1
206
413
F-box-like
F-box
FBA_3
C
PF12937 F-box-like 57-95 aa PF00646 F-box 57-97 aa PF08268 FBA_3 163-288 aa
XP_057775971.1
413 aa
N
1
206
413
F-box-like
F-box
FBA_3
C
PF12937 F-box-like 57-95 aa PF00646 F-box 57-97 aa PF08268 FBA_3 163-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775967.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 59 97 2.2e-06 28.0 F-box-like
XP_057775967.1 Pfam PF00646 F-box Domain 59 99 2.3e-08 34.3 F-box domain
XP_057775968.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 59 97 2.2e-06 28.0 F-box-like
XP_057775968.1 Pfam PF00646 F-box Domain 59 99 2.3e-08 34.3 F-box domain
XP_057775969.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 57 95 5.5e-08 33.2 F-box-like
XP_057775969.1 Pfam PF00646 F-box Domain 57 97 3e-08 34.0 F-box domain
XP_057775969.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 163 288 8.1e-07 29.1 F-box associated beta propeller domain
XP_057775970.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 57 95 5.6e-08 33.1 F-box-like
XP_057775970.1 Pfam PF00646 F-box Domain 57 97 3e-08 34.0 F-box domain
XP_057775970.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 163 288 8.1e-07 29.1 F-box associated beta propeller domain
XP_057775971.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 57 95 5.6e-08 33.1 F-box-like
XP_057775971.1 Pfam PF00646 F-box Domain 57 97 3e-08 33.9 F-box domain
XP_057775971.1 Pfam PF08268 FBA_3 Repeat 163 288 8.1e-07 29.1 F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919988.1
CTGCTGCATTTATTTGGACCCGCCGCTTGTAATTCATTTATTTACTCCGCCGCCGCGTTCTACACAGTTGACAGAAAATAGAAAAGTTGAAATGCTGCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGCTCCTGCACCAACGGCAGCGATTCGGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATATACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAAAAAGGGGATGCCAACAAACA...
XM_057919987.1
CATTTATTTGGACCCACACCCACCGCTTGTAATAATTCATTTACTCCGCCGCCGCGTTCTACACAATTCACCGGAAATCGAAAAGTTGAAATGCTTCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGCTCCTGCACCAACGGCAGCGTTTCCGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATATACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAAAAAGGGGATGCCAACAAACAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130994873
ATGCTGCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGCTCCTGCACCAACGGCAGCGATTCGGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATATACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAAAAAGGGGATGCCAACAAACATAGAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTTGAAATTCTCCTCCGATTGCCGGCCGGTCATCTCTACGAGAGAGCGAGGCTCGTCTGCCGGCG...
LOC130994873
ATGCTTCGTCCGAAACTAGCCTCCCGCAAGCCGCCACCTCCACGGCGCTCCTGCACCAACGGCAGCGTTTCCGATCCCCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATATACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAAAAAGGGGATGCCAACAAACATAGAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTTGAAATTCTCCTCCGATTGCCGGCCGGTCATCTCTACGAGAGAGCGAGGCTCGTCTGCCGGCG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057775967.1
MLRPKLASRKPPPPRRSCTNGSVSDPHSDILSRESMIYIRSRAYYFRRCKKKRPMPTNIESLPTDLLFEILLRMPADHLYERARLVCRRWCHIIHSHAFINAQMHGATYGLLLSPPNWIITLPRYVTADADGGIHTSKITHLSKSRVVATCNGLELEAKGYQFPRLVIVNPATKQSFHLPPLPTGVNVIYAVLRYGFAYSAASLAYKVIAPYHFGQSPPRLETDSGLDVLTVGIDESWRHVEVHHLPDHFRQFLFFMDPL...
XP_057775968.1
MLRPKLASRKPPPPRRSCTNGSDSDPHSDILSRESMIYIRSRAYYFRRCKKKRPMPTNIESLPTDLLFEILLRMPADHLYERARLVCRRWCHIIHSHAFINAQMHGATYGLLLSPPNWIITLPRYVTADADGGIHTSKITHLSKSRVVATCNGLELEAKGYQFPRLVIVNPATKQSFHLPPLPTGVNVIYAVLRYGFAYSAASLAYKVIAPYHFGQSPPRLETDSGLDVLTVGIDESWRHVEVHHLPDHFRQFLFFMDPL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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