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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004280`

染色体: Chr07 坐标: 55333681-55340577 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004280`
名称	SmilChr07G004280
描述	tryptophan--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	55333681 - 55340577 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994875`
GeneID	`130994875`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994875`
原始查询	`LOC130994875`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tryptophan--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial
产物	tryptophan--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial
Arabidopsis	`AT2G25840` (OVA4) Nucleotidylyl transferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817126] identity=75.1; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0743400` (P0439E07.32-2) - identity=83.1; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004830 (tryptophan-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006436 (tryptophanyl-tRNA aminoacylation); GO:0009507 (chloroplast)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00579 (tRNA-synt_1b)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057775973.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	1.00000	`XP_057775974.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057775973.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775974.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775974.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:55333740`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C53
`Chr7:55333863`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr7:55333879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B110,B131,B42,B43
`Chr7:55333896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B20
`Chr7:55334314`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	86	A11,A13,A14,A2,A21,A22,A23,A24,B1,B10,B100,B101,B107,B108,B11,B110,B114,B115,B122,B126,B131,B133,B134,B135,B137,B138,B139,B16,B17,B18,B20,B22,B29,B30,B32,B34,B36,B40,B42,B43,B48,B55,B58,B61,B64,B65,B66,B70,B73,B74,B75,B77,B78,B80,B91,B94,B97,B99,C12,C14,C15,C20,C24,C27,C29,C30,C33,C34,C41,C62,C65,C70,C72,C77,C79,C8,C80,C82,C85,D1,D10,D11,D4,D5,D6,D9
`Chr7:55334685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C39
`Chr7:55334748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B120,B79
`Chr7:55336129`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A16,B118,B130,B27,B30,B45,B75,C34,C47,C53,D11,D2,D8
`Chr7:55336133`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A16,B118,B130,B27,B30,B45,B75,C34,C47,C53,D11,D2,D8
`Chr7:55337430`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775973.1

414 aa

207

414

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 75-366 aa

XP_057775974.1

349 aa

174

349

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 10-301 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775973.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	75	366	2.3e-81	274.1	tRNA synthetases class I (W and Y)
`XP_057775974.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	10	301	2.1e-81	274.2	tRNA synthetases class I (W and Y)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919990.1
AGGAGCAGCAGCAGAAATGGGGCGCTCCATTTTCTCTCACTTCCTAATCCTCTCCAACGCTCCTCCGCGCTCCATCGTCTCACTGCCGCTCGGTATTCGTCTCGGCAAATGCTTGAGCAGAGCTGCTGGAATCCAGGCGTCGCGGCGGCTGAGGATCGGCGAGAGCCTGCGCTGCCTCTGCAGCCTTGCAGTGTCAGAGCCTTCGACTTCGCAGACTTCGTCCAGCTCCGTGAAGAAGAGAATAGTCTCCGGCGTTCAGC...

XM_057919991.1
GTATATTTCTAGCTCTGAGTATTTGTTTGAGAAATGATTTGGTGTGACTGTGTTTTTTTAGCGTTGCATGCCTTGTATATAAAAATTGTAGTTATTCGTGTTTAAAGTTTGATGATTATGTTTTACGTATTTTGGAGTTAGAGCATTGTTGCATTTCTCTCACATTGATTAAGGCGTGTAAAATTGTAATTTTTGTGAGGTTCGAATGTTTTATGAAGTAATCCGGTTGGTATGACGCCATGATGAATGCTGGATGGTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994875
ATGGGGCGCTCCATTTTCTCTCACTTCCTAATCCTCTCCAACGCTCCTCCGCGCTCCATCGTCTCACTGCCGCTCGGTATTCGTCTCGGCAAATGCTTGAGCAGAGCTGCTGGAATCCAGGCGTCGCGGCGGCTGAGGATCGGCGAGAGCCTGCGCTGCCTCTGCAGCCTTGCAGTGTCAGAGCCTTCGACTTCGCAGACTTCGTCCAGCTCCGTGAAGAAGAGAATAGTCTCCGGCGTTCAGCCCACAGGATCCATACA...

LOC130994875
ATGGTATTGAAGTTTGCCAATTTGAAGAGAATAGTCTCCGGCGTTCAGCCCACAGGATCCATACATCTTGGCAATTATCTCGGTGCCATAAAAAACTGGATTGACTTGCAGAATACGTACGAGACACTCTTTTTCATTGTGGACCTCCATGCAATAACTTTGCCGTATGATGCACAGAAATTATCTAAAGCTACCAAAGATACTGCAGCTCTTTATTTAGCATGTGGTGTGGATCCTTCCAAGGCCTCAGTCTTTGTGCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057775973.1
MGRSIFSHFLILSNAPPRSIVSLPLGIRLGKCLSRAAGIQASRRLRIGESLRCLCSLAVSEPSTSQTSSSSVKKRIVSGVQPTGSIHLGNYLGAIKNWIDLQNTYETLFFIVDLHAITLPYDAQKLSKATKDTAALYLACGVDPSKASVFVQSHVRAHVELMWLLSSATPIGWLNKMIQFKEKSRKEGNENVGVALLTYPVLMASDILLYQSDFVPVGEDQKQHLELTRELAERVNYQYGGRKWKKLGGRGGAIFKVPEP...

XP_057775974.1
MVLKFANLKRIVSGVQPTGSIHLGNYLGAIKNWIDLQNTYETLFFIVDLHAITLPYDAQKLSKATKDTAALYLACGVDPSKASVFVQSHVRAHVELMWLLSSATPIGWLNKMIQFKEKSRKEGNENVGVALLTYPVLMASDILLYQSDFVPVGEDQKQHLELTRELAERVNYQYGGRKWKKLGGRGGAIFKVPEPLIPPTGARVMSLTDGLSKMSKSAPSDQSRINLLDSKDAIANKIKRCKTDSFPGLEFDNPERPECT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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