Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004322`

染色体: Chr07 坐标: 55766891-55770998 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004322`
名称	SmilChr07G004322
描述	protein NDL2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	55766891 - 55770998 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994902`
GeneID	`130994902`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994902`
原始查询	`LOC130994902`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NDL2-like
产物	protein NDL2-like
Arabidopsis	`AT5G11790` (NDL2) N-MYC downregulated-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831051] identity=70.8; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0192600` (SF21) - identity=68.9; qcov=1; evalue=2.3e-176; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00561 (Abhydrolase_1); PF03096 (Ndr); PF12146 (Hydrolase_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057776015.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057776016.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776015.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776015.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776015.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:55767216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:55768328`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:55768330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B130,B94
`Chr7:55769095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C77
`Chr7:55769541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B45,B5
`Chr7:55769747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:55769909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:55770064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C39
`Chr7:55770235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B5
`Chr7:55770253`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C39
`Chr7:55770331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C21,D1
`Chr7:55770523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776015.1

356 aa

178

356

Ndr

Abhydrolase_1

Hydrolase_4

PF03096 Ndr 21-313 aa PF00561 Abhydrolase_1 106-212 aa PF12146 Hydrolase_4 107-197 aa

XP_057776016.1

347 aa

174

347

Ndr

Abhydrolase_1

Hydrolase_4

PF03096 Ndr 21-304 aa PF00561 Abhydrolase_1 72-203 aa PF12146 Hydrolase_4 97-191 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776015.1`	Pfam	`PF03096`	Ndr	Domain	21	313	7.3e-103	343.9	Ndr family
`XP_057776015.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	106	212	1.2e-07	32.4	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057776015.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	107	197	1.9e-07	31.4	Serine aminopeptidase, S33
`XP_057776016.1`	Pfam	`PF03096`	Ndr	Domain	21	304	4.8e-107	357.6	Ndr family
`XP_057776016.1`	Pfam	`PF00561`	Abhydrolase_1	Domain	72	203	2.9e-08	34.4	alpha/beta hydrolase fold
`XP_057776016.1`	Pfam	`PF12146`	Hydrolase_4	Domain	97	191	1.4e-07	31.8	Serine aminopeptidase, S33

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920033.1
ACTGCATTTGCGCTAGAAAGCCCAAAGCGCCGGTGACTCAGTGACTCAGTGCGCAGGAATCGCTCGAATCAATAACTCGACTCACCTTCTATTTATAGTTATGATTTTGCGAATTTAGAGAGAGAGAGAGAGTGTATGTGCGTGTGTGTGTAAGCTATGGATGTGTGTGTTTATTGGTATTAGTATATAAGCTATGGATGCCAAATCCAATGCGTCTCGAACTTCGGAGAGATTCTAGAGAGAGTGAGATTGTAGAGAGA...

XM_057920032.1
TTAGAGAGAGAGAGAGAGTGTATGTGCGTGTGTGTGTAAGCTATGGATGTGTGTGTTTATTGGTATTAGTATATAAGCTATGGATGCCAAATCCAATGCGTCTCGAACTTCGGAGAGATTCTAGAGAGAGTGAGATTGTAGAGAGAGAAAGAGAGTAATGACGGAGTCCAGTGATTCCGTCTCAGTGGATATGGAGCCCCTTCTTCTCGCCGGGAAGGAGCATATTGTGAAAACTAGCTATGGTTCTTTGTCGGTGGCTG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130994902
ATGACGGAGTCCAGTGATTCCGTCTCAGTGGATATGGAGCCCCTTCTTCTCGCCGGGAAGGAGCATATTGTGAAAACTAGCTATGGTTCTTTGTCGGTGGCTGTTTTTGGAGACTGGGACAAGCCTGCCCTAATTACTTACCCCGATTTAGCTTTAAACTACGTGTCTTGTTTCCAAGGTCTCTTTTCTTGTCCAGAAGCATTTTCTCTTCTTCTCCAGAACTTCTGTATCTATCACATAAGTCCTCCTGGGCATGAGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057776015.1
MTESSDSVSVDMEPLLLAGKEHIVKTSYGSLSVAVFGDWDKPALITYPDLALNYVSCFQGLFSCPEAFSLLLQNFCIYHISPPGHEVRALITRLLIGAAVAGKDEPSLSVDDLANQIAEILDYFRVGKVMCLGVTAGAYILTLFAIKYPKRVMGLILVSPLCKAPSWKEWLSNKVISNLLYMCGMCGLAKEVLLMRYFSKEVRTSADALESDIIRSCRRLLGERQSSNVHRFLEAINRRRDITQGLRKLQCRSLIFVGEN...

XP_057776016.1
MTESSDSVSVDMEPLLLAGKEHIVKTSYGSLSVAVFGDWDKPALITYPDLALNYVSCFQGLFSCPEAFSLLLQNFCIYHISPPGHEIGAAVAGKDEPSLSVDDLANQIAEILDYFRVGKVMCLGVTAGAYILTLFAIKYPKRVMGLILVSPLCKAPSWKEWLSNKVISNLLYMCGMCGLAKEVLLMRYFSKEVRTSADALESDIIRSCRRLLGERQSSNVHRFLEAINRRRDITQGLRKLQCRSLIFVGENSPFHHEALH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器