当前解析结果
SmilChr01G003662| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003662 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003662 |
| 描述 | carboxypeptidase SOL1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 55046452 - 55052183 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994912 |
|---|---|
| GeneID | 130994912 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994912 |
| 原始查询 | LOC130994912 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | carboxypeptidase SOL1 |
| 产物 | carboxypeptidase SOL1 |
| Arabidopsis | AT1G71696 (SOL1)carboxypeptidase D [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843499] identity=62.3; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0144600- identity=60.2; qcov=0.373; evalue=3.17e-66; confidence=low |
| GO | GO:0004181 (metallocarboxypeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00246 (Peptidase_M14) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994912 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057776034.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057776034.1 |
| 3 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057776034.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057776034.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776034.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:55046773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,B47,C65 |
Chr1:55046795 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr1:55046858 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B55 |
Chr1:55048022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:55049416 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B140,B91,C57,C79 |
Chr1:55049833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr1:55051142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C31 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776034.1PF00246
Peptidase_M14 77-333 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776034.1 |
Pfam | PF00246 |
Peptidase_M14 | Domain | 77 | 333 | 1.9e-61 | 208.9 | Zinc carboxypeptidase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。