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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004317

染色体: Chr07 坐标: 55715706-55724602 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004317
名称SmilChr07G004317
描述uncharacterized SmilChr07G004317
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向55715706 - 55724602 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994923
GeneID130994923
locus_tag-
NCBI NameLOC130994923
原始查询LOC130994923

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AT1G55340; symbol=AT1G55340; hit=AT1G55340; species=arabidopsis; confidence=medium
产物AT1G55340; symbol=AT1G55340; hit=AT1G55340; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G55340 (AT1G55340)
-
identity=38.9; qcov=0.929; evalue=4.47e-48; confidence=medium
RiceOs05g0541700
-
identity=53.6; qcov=0.635; evalue=8.45e-48; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF07797 (DUF1639)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994923

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776053.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057776053.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776053.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057776053.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057776053.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:55718100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B103,B76
Chr7:55718307 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C71
Chr7:55718307 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C71
Chr7:55718312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C45,C79
Chr7:55721169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr7:55721216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,C39
Chr7:55721257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B111
Chr7:55721314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B103
Chr7:55721383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr7:55721400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr7:55722828 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr7:55722868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776053.1
288 aa
N
1
144
288
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776054.1
288 aa
N
1
144
288
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776055.1
288 aa
N
1
144
288
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776056.1
288 aa
N
1
144
288
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776058.1
288 aa
N
1
144
288
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776059.1
282 aa
N
1
141
282
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776060.1
282 aa
N
1
141
282
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
XP_057776061.1
282 aa
N
1
141
282
DUF1639
C
PF07797 DUF1639 206-255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057776053.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 2.9e-23 82.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776054.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 2.9e-23 82.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776055.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 2.9e-23 82.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776056.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 2.9e-23 82.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776058.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 2.9e-23 82.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776059.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 6.1e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776060.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 6.1e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)
XP_057776061.1 Pfam PF07797 DUF1639 Family 206 255 6.1e-23 81.3 Protein of unknown function (DUF1639)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920078.1
GAGAAACTTTGGAGGTATAAAAATGGTAGTTTGAAGAAGAAAAAAGAGTAATTTCGTATTTCTTTTTCATTCATCGTTTCACAAGGCGGAGGCGAAGAAGCTGAAAGTGCTTCTTTCTCTCTCTCTAAATTATTTGTCGTGAGCATCTGGTGCATTTTTGTAGCTGTTGAAGGAGAAGGCGTCGAAGCTCGATTTTGTTAGGAGAATTGTGGAATTGTTTGTGTACTCTGATTGGATTTCTGATACGAGTTTTTTGACTC...
XM_057920071.1
GAGAAACTTTGGAGGTATAAAAATGGTAGTTTGAAGAAGAAAAAAGAGTAATTTCGTATTTCTTTTTCATTCATCGTTTCACAAGGCGGAGGCGAAGAAGCTGAAAGTGCTTCTTTCTCTCTCTCTAAATTATTTGTCGTGAGCATCTGGTGCATTTTTGTAGCTGTTGAAGGAGAAGGCGTCGAAGCTCGATTTTGTTAGGAGAATTGTGGAATTGTTTGTGTACTCTGATTGGATTTCTGATACGAGTTTTTTGACTC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130994923
ATGGAGAGGAAGAATTCTCATCCAACCAATAGAGACGGGTTGCTGTACAGATCAGTGTCCAGGTCAGCCGCTACGACGTCGTCGGACTTCGTGCTGCAGTGGGGGAACCGAAAAAGATTACGCTGTATGAAGGTCCACGTTAAGGGCGCGACTACTAAGGACCCGGCCGGTTCGGATCCATCTCAGCGGGCAGCGGTTCGCGTGGACCGGCGGGTCGTTAGGTCGGATCTTCTCAATAATAACAACACTACCAAGAATCC...
LOC130994923
ATGGAGAGGAAGAATTCTCATCCAACCAATAGAGACGGGTTGCTGTACAGATCAGTGTCCAGGTCAGCCGCTACGACGTCGTCGGACTTCGTGCTGCAGTGGGGGAACCGAAAAAGATTACGCTGTATGAAGGTCCACGTTAAGGGCGCGACTACTAAGGACCCGGCCGGTTCGGATCCATCTCAGCGGGCAGCGGTTCGCGTGGACCGGCGGGTCGTTAGGTCGGATCTTCTCAATAATAACAACACTACCAAGAATCC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057776053.1
MERKNSHPTNRDGLLYRSVSRSAATTSSDFVLQWGNRKRLRCMKVHVKGATTKDPAGSDPSQRAAVRVDRRVVRSDLLNNNNTTKNPIPNPPNITNGYLNLRHRPASPSRRILRNSEREIGMRGNSNGVRGLASPDRGERKGTSISNNANSQHQNNKTNNSNHNHDTNHHHGGGSGSSENAQDIKKGDGDAAAAAAAVWPKFVIALTNKEKEEDFMAIKGSKLPQRPKKRAKLIQRTLNLVSPGSWLCDLTLERYEVREK...
XP_057776054.1
MERKNSHPTNRDGLLYRSVSRSAATTSSDFVLQWGNRKRLRCMKVHVKGATTKDPAGSDPSQRAAVRVDRRVVRSDLLNNNNTTKNPIPNPPNITNGYLNLRHRPASPSRRILRNSEREIGMRGNSNGVRGLASPDRGERKGTSISNNANSQHQNNKTNNSNHNHDTNHHHGGGSGSSENAQDIKKGDGDAAAAAAAVWPKFVIALTNKEKEEDFMAIKGSKLPQRPKKRAKLIQRTLNLVSPGSWLCDLTLERYEVREK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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