Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004213`

染色体: Chr07 坐标: 54321110-54323657 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004213`
名称	SmilChr07G004213
描述	protein NONRESPONDING TO OXYLIPINS 2, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	54321110 - 54323657 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994956`
GeneID	`130994956`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994956`
原始查询	`LOC130994956`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NONRESPONDING TO OXYLIPINS 2, mitochondrial
产物	protein NONRESPONDING TO OXYLIPINS 2%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT5G11630` (NOXY2) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831035] identity=58.2; qcov=1.03; evalue=2.76e-26; confidence=medium
Rice	`Os02g0230000` - identity=39.8; qcov=0.943; evalue=1.65e-07; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994956

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776150.1`
2	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057776151.1`
3	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057776149.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776149.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:54321153`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B114,B17,B73,C30
`Chr7:54321153`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B114,B17,B73,C30
`Chr7:54321154`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	14	B113,B16,B23,B48,B56,B6,B7,B76,C18,C28,C53,C63,C67,D2
`Chr7:54321195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,C11,C19,C69
`Chr7:54321202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr7:54321217`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr7:54321364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:54321841`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920168.1
TAAAATTGCAAAATCAATTAAAGTTCCTGCATGATTTGGCAATTACCCCTTTCAAAATTAGGGTGGATTTACAAATCCCGAAGTCCAACTTCCGAAGCGCAGAGTACCACTTTCAATACCTCAGCTTCTTATACCTCTCCAAAACCCTCGACTCACTTTTCTTTCCAGCCACCGCTCTTCAACAATGGCGTCTCGTTGCAGAACGATCTCAAAGCCAGCAATGAGCTTTCTCAAATCCACCTTTTCAAAGAGCACACCCA...

XM_057920166.1
AATTAAAGTTCCTGCATGATTTGGCAATTACCCCTTTCAAAATTAGGGTGGATTTACAAATCCCGAAGTCCAACTTCCGAAGCGCAGAGTACCACTTTCAATACCTCAGCTTCTTATACCTCTCCAAAACCCTCGACTCACTTTTCTTTCCAGCCACCGCTCTTCAACAATGGCGTCTCGTTGCAGAACGATCTCAAAGCCAGCAATGAGCTTTCTCAAATCCACCTTTTCAAAGAGCACACCCATGTTCTCAGCTCAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130994956
ATGATTTGGCAATTACCCCTTTCAAAATTAGGGTGGATTTACAAATCCCGAAGTCCAACTTCCGAAGCGCAGAGTACCACTTTCAATACCTCAGCTTCTTATACCTCTCCAAAACCCTCGACTCACTTTTCTTTCCAGCCACCGCTCTTCAACAATGGCGTCTCGTTGCAGAACGATCTCAAAGCCAGCAATGAGCTTTCTCAAATCCACCTTTTCAAAGAGCACACCCATGTTCTCAGCTCAATCGGCGCGCCTCTCTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057776149.1
MIWQLPLSKLGWIYKSRSPTSEAQSTTFNTSASYTSPKPSTHFSFQPPLFNNGVSLQNDLKASNELSQIHLFKEHTHVLSSIGAPLSIAIFEDIASNSYAPISVTSPLGAVVGSTNLLSRHRHQGLQIFVSGYALQCQPWSLIDFVMFLTRSLGAAMREEM

XP_057776150.1
MIWQLPLSKLGWIYKSRSPTSEAQSTTFNTSASYTSPKPSTHFSFQPPLFNNGVSLQNDLKASNELSQIHLFKEHTHVLSSIGAPLSIAIFEDIASNSYAPISVTSPLGAVVGSTNLLSRHRHQGLQIFVSGYALQCQPWSLIDFN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器