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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G004198

染色体: Chr07 坐标: 54020040-54021239 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G004198
名称SmilChr07G004198
描述uncharacterized SmilChr07G004198
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向54020040 - 54021239 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994959
GeneID130994959
locus_tag-
NCBI NameLOC130994959
原始查询LOC130994959

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057776155.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057776156.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057776155.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057776156.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057776155.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:54020286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:54020311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:54020325 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A22,B126,B135,B136,B28,B38,B39,B4,B54,B55,B57,B79,B81,B82,B90,B92,C27,C29,C31,C55,C58,C6,C62,C63,C67,C78,C9
Chr7:54020454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr7:54020485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,C26
Chr7:54020492 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:54020499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,B5,C76
Chr7:54020501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,C16
Chr7:54020791 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C8
Chr7:54020791 G GTT 2bp_insertion CDS_variant 1 C8
Chr7:54020812 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 31 A14,A2,A22,B106,B109,B117,B124,B2,B20,B22,B24,B37,B40,B55,B6,B87,B93,C40,C48,C49,C54,C61,C62,C63,C7,C78,C79,C9,D2,D5,D9
Chr7:54020978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,B4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057920173.1
TAAAGAGAAAAATAGGGCCAAATGGCCCAAAAGTCGAAGACGCATCAATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGACTGAATATCACTTTGAAGATGGGGGTGCAGAGGATGTGGAGCGC...
XM_057920172.1
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGGTACGATATTGAGACATACAAATCCTGTGATGATTCAGTTCTTAAGTTTACGTCTAGACGACCACTGATTGATGACATTCCATCGTTCAGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130994959
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGACTGAATATCACTTTGAAGATGGGGGTGCAGAGGATGTGGAGCGCGGCACTACTGAGGCTTTGGGCAGTAACATGGATGTTGGGCCGACGGC...
LOC130994959
ATGACGCCTGAAAAAACAAAAACTATTGAAGAAGGTGCAGAACACACGACGCCGGAAAACCCAATAGACGTACTAGAAGATTACTGGTACGATATTGAGACATACAAATCCTGTGATGATTCAGTTCTTAAGTTTACGTCTAGACGACCACTGATTGATGACATTCCATCGTTCAGCCTTGGAATGACGCAAATGGGGAATGAAGCAATGACGTCAAATGCTGTGACAGGAGATGGAACTGTGGGAATGAACATGGAGAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057776155.1
MTPEKTKTIEEGAEHTTPENPIDVLEDYWYDIETYKSCDDSVLKFTSRRPLIDDIPSFSLGMTQMGNEAMTSNAVTGDGTVGMNMETEYHFEDGGAEDVERGTTEALGSNMDVGPTAEDFTFATTPQVGVIGELPGNVEVQPQLRVRINLTRVLLPT
XP_057776156.1
MTPEKTKTIEEGAEHTTPENPIDVLEDYCLGMTQMGNEAMTSNAVTGDGTVGMNMETEYHFEDGGAEDVERGTTEALGSNMDVGPTAEDFTFATTPQVGVIGELPGNVEVQPQLRVRINLTRVLLPT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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