Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003670`

染色体: Chr01 坐标: 55135344-55138558 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003670`
名称	SmilChr01G003670
描述	catalase isozyme 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	55135344 - 55138558 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995012`
GeneID	`130995012`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995012`
原始查询	`LOC130995012`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	catalase isozyme 2-like
产物	catalase isozyme 2-like
Arabidopsis	`AT4G35090` (CAT2) catalase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829661] identity=80.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0131200` (CATC) - identity=78.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004096 (catalase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005777 (peroxisome); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0020037 (heme binding); GO:0042542 (response to hydrogen peroxide); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGG	smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04146 (Peroxisome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00199 (Catalase); PF06628 (Catalase-rel)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	0.80000	`XP_057776180.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057776180.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057776180.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057776180.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776180.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:55137002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C5
`Chr1:55137326`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:55137425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr1:55137497`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:55137777`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:55137910`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr1:55138009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B137,B9,C47
`Chr1:55138173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr1:55138302`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776180.1

492 aa

246

492

Catalase

Catalase-rel

PF00199 Catalase 18-398 aa PF06628 Catalase-rel 423-486 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776180.1`	Pfam	`PF00199`	Catalase	Domain	18	398	5.2e-174	579.5	Catalase
`XP_057776180.1`	Pfam	`PF06628`	Catalase-rel	Family	423	486	1.3e-12	48.4	Catalase-related immune-responsive

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920197.1
AAAATTCAGTTTATCTTATACGAGCTACTTGGATTGATACTTTCTCTTTCATAACAAAATATCTATCTTTAATTAAAATAATTTTGAGAGGGATAAGATTTCGTAATTATGGGTGGGGACAGTCCATTATGATGCGAGTGGGCAGTCCTTTTTATAGGCGTGATGAGAAGGTGGTGATCAGATCATCCCCCCCTTTCTTACTCCTCCAAACTACAAAATTTAGAGAGAGAATTAAGCAGACTCTCATCACTATCCATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995012
ATGGATCCGTACAAGTTCCGTCCCTCAAGTACGTACAATACGCCTTTCACCACCACCAATTCTGGAAATCCTGTCTGGAACGACAACAATGCTCTCACTGTTGGAAGTAGAGGCCCCATCCTCCTGGAGGACTACCATTTGGTAGAGAAAGTTGCTAACTTCGCCCGGGAGAGGATCCCGGAGCGTGTTGTCCACGCGAGAGGTGCGAGCGCCAAGGGATTCTTCGAGGTCACTCATGACATCTCTCACCTCACTTGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776180.1
MDPYKFRPSSTYNTPFTTTNSGNPVWNDNNALTVGSRGPILLEDYHLVEKVANFARERIPERVVHARGASAKGFFEVTHDISHLTCADFLRAPGVQTPLIIRFSTVIHERGSPETLRDPRGFAIKFYTREGNFDMVGNNIPVFFIRDGMKFPDLIHAMKPNPKSHIQETWRYLDFFSHIPESLNTFTFFFDDYGIPQDYRHMEGFGVHTFTLINKAGKVNYVKFHWKPTCGIKCLSDEEAKVIGGANHSHATKDLYDSIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器