当前解析结果
SmilChr07G004442| 统一新 Gene ID | SmilChr07G004442 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G004442 |
| 描述 | RNA-binding protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 57063843 - 57067314 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130995057 |
|---|---|
| GeneID | 130995057 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130995057 |
| 原始查询 | LOC130995057 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | RNA-binding protein 2-like |
| 产物 | RNA-binding protein 2-like |
| Arabidopsis | AT1G76940 (AT1G76940)RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844029] identity=43.6; qcov=0.45; evalue=1.85e-33; confidence=medium |
| Rice | Os06g0127500- identity=57; qcov=0.358; evalue=7.85e-32; confidence=low |
| GO | GO:0003729 (mRNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00076 (RRM_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130995057 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057776190.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057776190.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057776190.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057776190.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057776190.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:57065397 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B76,C27,C79,D6 |
Chr7:57065613 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B49,C40 |
Chr7:57065706 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B96 |
Chr7:57065706 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B96 |
Chr7:57065717 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B49 |
Chr7:57065779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,B112,B21,B46,D7 |
Chr7:57065791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B76,D6 |
Chr7:57066113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr7:57066114 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A24 |
Chr7:57066924 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057776190.1PF00076
RRM_1 159-230 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057776190.1 |
Pfam | PF00076 |
RRM_1 | Domain | 159 | 230 | 7.2e-12 | 45.7 | RNA recognition motif |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。