Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004459`

染色体: Chr07 坐标: 57181851-57184765 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004459`
名称	SmilChr07G004459
描述	uncharacterized SmilChr07G004459
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	57181851 - 57184765 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995069`
GeneID	`130995069`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995069`
原始查询	`LOC130995069`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	OsFbox253; symbol=OsFbox253; hit=Os05g0177400; species=rice; confidence=low
产物	OsFbox253; symbol=OsFbox253; hit=Os05g0177400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os05g0177400` (OsFbox253) - identity=35; qcov=0.633; evalue=5.09e-06; confidence=low
GO	GO:0004842 (ubiquitin-protein transferase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995069

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057776202.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057776202.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776202.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057776202.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057776202.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:57182025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776202.1

226 aa

113

226

F-box-like

F-box

PF12937 F-box-like 57-95 aa PF00646 F-box 57-97 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776202.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	57	95	3.7e-09	36.9	F-box-like
`XP_057776202.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	57	97	8.5e-09	35.7	F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920219.1
TGTTATTTGGGTTTGGGCGGGAAACTGCCGCATTTATTTGGGTCCACCGCTTGTAATTTATTTACTCTGCCGCCGCGTTTTAGACACTTCACCGGAAATAGAAAAGCTGAAATGCTTCGTTTGAAACCAGCCTTCCGCAAGCCACCGCCTCCGCGCCGCTGCTGCACCGACGGCGGCGTTTCGGATCCTCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATACACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995069
ATGCTTCGTTTGAAACCAGCCTTCCGCAAGCCACCGCCTCCGCGCCGCTGCTGCACCGACGGCGGCGTTTCGGATCCTCATTCCGACATTCTTAGTAGAGAATCGATGATACACATTAGAAGTCGGGCTTATTATTCCCGGAGGTGTAAAGAGGGGATGCCAACAAACATAGAGTCCCTCCCCAAAGAGCTATTGTTCGAAATCCTCCTCCGTTTGCCGGCCGATCATCTCTACGAGAGAGCGAGGCTCGTGTGCCGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776202.1
MLRLKPAFRKPPPPRRCCTDGGVSDPHSDILSRESMIHIRSRAYYSRRCKEGMPTNIESLPKELLFEILLRLPADHLYERARLVCRRWYRIIHSHAFINEKMHGATYGLLLSPVKGNTLPLYVTADADGGILKSELNHISKLGVLATCNGLVLELDDKRFPRLANPATRQSFLLPPYPKGRMYCQFHCGLACSAAGPALGIGEGCDRLGPRAEWGPNFFIFIAIII

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器