Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G004475`

染色体: Chr07 坐标: 57298508-57300896 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G004475`
名称	SmilChr07G004475
描述	ran-binding protein 1 homolog c-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	57298508 - 57300896 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130995080`
GeneID	`130995080`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130995080`
原始查询	`LOC130995080`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ran-binding protein 1 homolog c-like
产物	ran-binding protein 1 homolog c-like
Arabidopsis	`AT5G58590` (RANBP1) RAN binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835973] identity=66.5; qcov=0.845; evalue=6.34e-88; confidence=high
Rice	`Os05g0350600` - identity=68.5; qcov=0.764; evalue=4.05e-84; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0005643 (nuclear pore); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006913 (nucleocytoplasmic transport)
KEGG	-
Pfam	PF00638 (Ran_BP1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130995080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057776214.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057776214.1`
3	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057776214.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.60000	`XP_057776214.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057776214.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:57298874`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,D11
`Chr7:57298923`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr7:57299009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B138,B86,C65
`Chr7:57299031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B21,B80,C46
`Chr7:57299758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr7:57299806`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B98,C24,C67,C80
`Chr7:57299870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B83
`Chr7:57300588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr7:57300598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,C2,C23,C24,C80
`Chr7:57300619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,C2,C23,C24,C80
`Chr7:57300670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:57300741`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057776214.1

233 aa

116

233

Ran_BP1

PF00638 Ran_BP1 44-160 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057776214.1`	Pfam	`PF00638`	Ran_BP1	Domain	44	160	9.3e-42	142.9	RanBP1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057920231.1
GACCCATACAGTGTCTGCTTTGTTAATACGCTATACAACATGTAAGTATATATATTCACAGATTAGCTAGCTCAGACCTGCTTCATCGCTCGCTGCTTAAACCCTAACTCTGCTCACAGATCTCAAAATCTATCGAAATTACTACGGTTATGGCTGCACCAGCTGAGCCCACACTTCTAAGGAGAGAGGGGGAAGAAGATGACGATTCGAAGCCGGCCGCCGATGACGAGGATACCGGCGCTCAGGTTGCTCCGATCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130995080
ATGGCTGCACCAGCTGAGCCCACACTTCTAAGGAGAGAGGGGGAAGAAGATGACGATTCGAAGCCGGCCGCCGATGACGAGGATACCGGCGCTCAGGTTGCTCCGATCGTCCAGCTGCAGGAAGTCGCCGTCACCACCGGTGAAGAGAACGAAGATGTTCTTCTTGAATTGAAATCAAAGTTGTACAGATTTGACAGAGACGGTAATCAATGGAAGGAGAGGGGTGTGGGGACTGTGAAGCTGCTAAAGCACAAGGAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057776214.1
MAAPAEPTLLRREGEEDDDSKPAADDEDTGAQVAPIVQLQEVAVTTGEENEDVLLELKSKLYRFDRDGNQWKERGVGTVKLLKHKETGKVRLVMRQNKTLKICANHLVLATMSVQEHQGNDKSCVWHAADFSDGELKDETFCIRFASVENCRTFKDKIAEIAEGQANDNGEGEEEGQANDNGEGEEGETAASLIEKLSVGAKDEEEKPESKAAPSSSAEKKGKEEKPEAAVEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器